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- PDB-1ogc: The Structure of Bacillus subtilis RbsD complexed with D-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ogc
タイトルThe Structure of Bacillus subtilis RbsD complexed with D-ribose
要素HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
キーワードTRANSPORT / RIBOSE / SUGAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose pyranase / intramolecular transferase activity / D-ribose pyranase activity / intramolecular lyase activity / D-ribose catabolic process / monosaccharide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-ribose pyranase / RbsD-like fold / RbsD-like domain / D-ribose pyranase RbsD/L-fucose mutarotase FucU / RbsD-like superfamily / RbsD / FucU transport protein family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, M.-S. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Rbsd Leading to the Identification of Cytoplasmic Sugar-Binding Proteins with a Novel Folding Architecture
著者: Kim, M.-S. / Shin, J. / Lee, W. / Lee, H.-S. / Oh, B.-H.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
B: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
C: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
D: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
E: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2937
ポリマ－71,2225
非ポリマー712
水3,351186
1
A: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
B: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
C: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
D: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
E: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
ヘテロ分子

A: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
B: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
C: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
D: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
E: HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,58614
ポリマ－142,44410
非ポリマー1424
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.654, 108.140, 83.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD / CYTOPLASMIC RIBOSE-BINDING PROTEIN RBSD


分子量: 14244.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: P36946
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RBSD IS INVOLVED IN THE HIGH-AFFINITY RIBOSE MEMBRANE TRANSPORT SYSTEM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.4
30.2 M1dropNaCl
42 mMdithiothreitol1drop
520 %PEG40001reservoir
619 %isopropyl1reservoir
7100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 57573 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 278205 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.249

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 --
Rwork0.202 --
obs0.202 57573 94.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5010 0 2 186 5198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.288
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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