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- PDB-1og0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT G226S OF THE TYROSINE-REGULATED 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1og0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT G226S OF THE TYROSINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH PHENYLALANINE AND MANGANESE
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
キーワードLYASE / BETA-ALPHA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHENYLALANINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G.H. / Schneider, T.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Mutant G226S of the Tyrosine-Regulated 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate -7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Complexed with Phenylalanine and Manganese
著者: Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G.H. / Schneider, T.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Evolution of Feedback-Inhibited Beta /Alpha Barrel Isoenzymes by Gene Duplication and a Single Mutation.
著者: Hartmann, M. / Schneider, T.R. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Lipscomb, W.N. / Braus, G.H.
履歴
登録2003年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / entity ...diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
E: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
F: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
G: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
H: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,21223
ポリマ－318,6178
非ポリマー1,59615
水1,76598
1
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9295
ポリマ－79,6542
非ポリマー2753
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0946
ポリマ－79,6542
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
F: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0946
ポリマ－79,6542
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
G: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
H: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0946
ポリマ－79,6542
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
F: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
G: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
H: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,18912
ポリマ－159,3084
非ポリマー8818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-93.7 kcal/mol
Surface area46360 Å2
手法PISA
6
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,02411
ポリマ－159,3084
非ポリマー7157
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14150 Å2
ΔGint-79.98 kcal/mol
Surface area47150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.154, 93.971, 104.843
Angle α, β, γ (deg.)65.39, 85.77, 75.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyrosine-inhibited / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 39827.082 Da / 分子数: 8 / 変異: G226S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIGANDS PHENYLALANINE ION, MANGANESE
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ARO4, YBR249C, YBR1701 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P32449, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTONATE 7- PHOSPHATE + PHOSPHATE = ...CATALYTIC ACTIVITY: 2-DEHYDRO-3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTONATE 7- PHOSPHATE + PHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + D-ERYTHROSE 4- PHOSPHATE + H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8463 / 波長: 0.8463 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8463 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→37 Å / Num. obs: 155910 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HFB MOLECULE A

1hfb


解像度: 2.7→29.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3373 5.2 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 72685 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.0212 Å2 / ksol: 0.315139 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.59 Å2-7.67 Å2-0.87 Å2
2--4.16 Å22.68 Å2
3----10.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20640 0 92 98 20830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.682.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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