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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ofo | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Tyrosine Regulated 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae in Complex with 2-Phosphoglycolate | |||||||||
![]() | PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE | |||||||||
![]() | LYASE / BETA-ALPHA-BARREL / AROMATIC AMINO-ACID BIOSYNTHESIS SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / MANGANESE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G. / Schneider, T.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism. 著者: Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G. / Schneider, T.R. #1: ![]() タイトル: Evolution of Feedback-Inhibited Beta /Alpha Barrel Isoenzymes by Gene Duplication and a Single Mutation 著者: Hartmann, M. / Schneider, T. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Lipscomb, W. / Braus, G. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39797.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 2-PHOSPHOGLYCOLATE 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RH1326 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→17.3 Å / Num. obs: 198507 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0444 / Net I/σ(I): 19.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3035 / Mean I/σ(I) obs: 4.36 / % possible all: 89.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HFB (MOLECULE A) 解像度: 1.86→17.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→17.3 Å
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拘束条件 |
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