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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ofa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae in complex with phosphoenolpyruvate and cobalt(ii) | ||||||
要素 | PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / BETA-ALPHA-BARREL / AROMATIC AMINO-ACID BIOSYNTHESIS SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / MANGANESE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Koenig, V. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Braus, G.H. / Schneider, T.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Koenig, V. / Pfeil, A. / Braus, G.H. / Schneider, T.R. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Evolution of Feedback-Inhibited Beta /Alpha Barrel Isoenzymes by Gene Duplication and a Single Mutation. 著者: Hartmann, M. / Schneider, T.R. / Pfeil, A. / Heinrich, G. / Lipscomb, W.N. / Braus, G.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ofa.cif.gz | 148.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ofa.ent.gz | 115.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ofa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/1ofa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39797.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIGAND\: PHOSPHOENOLPYRUVATE METAL\: COBALT(II) 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: RH1326 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32449, EC: 4.1.2.15 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.76 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: TRIS PH 7.5-9.0 10 MM 20% PEG3400, 5% GLYCEROL, 4 EQUIV. PEP, 2.5 EQUIV. CO2+ 13-17MG/ML DAHPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→18.6 Å / Num. obs: 128877 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.15 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HFB 解像度: 2.02→17.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→17.57 Å
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拘束条件 |
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