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- PDB-1oe2: Atomic Resolution Structure of D92E Mutant of Alcaligenes xylosox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oe2
タイトルAtomic Resolution Structure of D92E Mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase
要素DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードREDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / COPPER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Ellis, M.J. / Dodd, F.E. / Sawers, G. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Atomic Resolution Structures of Native Copper Nitrite Reductase from Alcaligenes Xylosoxidans and the Active Site Mutant Asp92Glu
著者: Ellis, M.J. / Dodd, F.E. / Sawers, G. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2003年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8894
ポリマ－36,5681
非ポリマー3213
水9,854547
1
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,66712
ポリマ－109,7033
非ポリマー9649
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.700, 78.700, 98.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2083-

HOH

21A-2133-

HOH

31A-2267-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 36567.523 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ALCALIGENES XYLOSOXIDANS (バクテリア)
株: NCIMB 11015 / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O68601
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ASP 92 GLU
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH6.5 40-50% PEG-MME 550, 10MM CUSO4,, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
135 %(w/v)PEG550 MME1reservoir
210 mM1reservoirZnSO4
30.1 MMES1reservoirpH6.5
410 mg/mlprotein1drop
510 mMTris-HCl1droppH7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.85
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→20 Å / Num. obs: 133004 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 955982
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Num. unique obs: 6604 / Num. measured obs: 22767 / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HAU

1hau


解像度: 1.12→60 Å / Num. parameters: 28122 / Num. restraintsaints: 30849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: NO RESTRAINTS APPLIED TO CU ATOMS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1792 6650 5 %RANDOM
all0.1195 132888 --
obs0.1629 -99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 2463.5 / Occupancy sum non hydrogen: 3042.24
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 15 547 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0357
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.088
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.127 / Rfactor Rwork: 0.119
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.0357
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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