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万見
- PDB-1ndt: NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ndt
タイトルNITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS
要素PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / BLUE COPPER
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dodd, F.E. / Vanbeeumen, J. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: X-ray structure of a blue-copper nitrite reductase in two crystal forms. The nature of the copper sites, mode of substrate binding and recognition by redox partner.
著者: Dodd, F.E. / Van Beeumen, J. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
履歴
登録1998年10月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2084
ポリマ－36,0461
非ポリマー1633
水2,954164
1
A: PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,62512
ポリマ－108,1373
非ポリマー4889
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.236, 81.236, 100.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)


分子量: 36045.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COPPER, CHLORIDE
由来: (天然) Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 株: XYLOSOXIDANS / 参照: UniProt: O68601, EC: 1.7.99.3
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細TYPE 1 COPPER CENTER TYPE II COPPER CENTER TYPE II COPPER BOUND CHLORIDE
配列の詳細the gene sequence was performed independently and is referenced in the journal citation: "The blue ...the gene sequence was performed independently and is referenced in the journal citation: "The blue copper-containing nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans: cloning of the nirA gene and characterization of the recombinant enzyme" M.Prudencio,R.R.Eady,G.Sawers J Bacteriol. 1999 Apr;181(8):2323-2329.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
410 mg/mlprotein1drop
520 mMMES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月15日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→70.4 Å / Num. obs: 21904 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 135597
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFN MONOMER

1afn
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→20 Å / SU B: 4.32 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT FINAL CYCLE / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1099 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.164 20483 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2 / Baniso 23: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2539 0 3 164 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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