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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1odo | ||||||
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タイトル | 1.85 A structure of CYP154A1 from Streptomyces coelicolor A3(2) | ||||||
要素 | PUTATIVE CYTOCHROME P450 154A1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 MONOOXYGENASE / STREPTOMYCES / CYTOCHROME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Podust, L.M. / Kim, Y. / Arase, M. / Bach, H. / Sherman, D.H. / Lamb, D.C. / Kelly, S.L. / Waterman, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004 タイトル: Comparison of the 1.85 A Structure of Cyp154A1 from Streptomyces Coelicolor A3(2) with the Closely Related Cyp154C1 and Cyps from Antibiotic Biosynthetic Pathways. 著者: Podust, L.M. / Bach, H. / Kim, Y. / Lamb, D.C. / Arase, M. / Sherman, D.H. / Kelly, S.L. / Waterman, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1odo.cif.gz | 102.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1odo.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1odo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1odo_validation.pdf.gz | 803.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1odo_full_validation.pdf.gz | 809.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1odo_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1odo_validation.cif.gz | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/1odo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1gwiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44715.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME CONTAINING PROTEIN 由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア) 株: A3(2) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q9KZR7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-PIM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | MISSING RESIDUES DUE TO UNSUFFICIE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.7 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES, PH=7.5, 0 5 MM 4-PHENYLIMIDAZOLE, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 44967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GWI 解像度: 1.85→33.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 93526.18 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3155 Å2 / ksol: 0.375691 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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