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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oce | ||||||
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タイトル | ACETYLCHOLINESTERASE (E.C. 3.1.1.7) COMPLEXED WITH MF268 | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CARBOXYLIC ESTERASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / SERINE ESTERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Torpedo californica (エイ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bartolucci, C. / Perola, E. / Cellai, L. / Brufani, M. / Lamba, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: "Back door" opening implied by the crystal structure of a carbamoylated acetylcholinesterase. 著者: Bartolucci, C. / Perola, E. / Cellai, L. / Brufani, M. / Lamba, D. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997 タイトル: Long Chain Analogs of Physostigmine as Potential Drugs for Alzheimer'S Disease: New Insights Into the Mechanism of Action in the Inhibition of Acetylcholinesterase 著者: Perola, E. / Cellai, L. / Lamba, D. / Filocamo, L. / Brufani, M. #2: ジャーナル: J.Neurosci.Res. / 年: 1996 タイトル: Effects of Mf-268, a New Cholinesterase Inhibitor, on Acetylcholine and Biogenic Amines in Rat Cortex 著者: Zhu, X.D. / Cuadra, G. / Brufani, M. / Maggi, T. / Pagella, P.G. / Williams, E. / Giacobini, E. #3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 1995 タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of New Acetylcholinesterase Inhibitors: Morpholinoalkylcarbamoyloxyeseroline Derivatives 著者: Alisi, M.A. / Brufani, M. / Filocamo, L. / Gostoli, G. / Licandro, E. / Cesta, M.C. / Lappa, S. / Marchesini, D. / Pagella, P. #4: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oce.cif.gz | 116.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oce.ent.gz | 92.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oce_validation.pdf.gz | 661.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oce_full_validation.pdf.gz | 686.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oce_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oce_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1oce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1oce | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2aceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: INTER-MONOMER DISULFIDE BRIDGE / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MF2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sussman, J.L., (1988) J. Mol. Biol., 203, 821. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 24049 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 69.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 248837 / Rmerge(I) obs: 0.14 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.7 % / Num. unique obs: 1886 / Rmerge(I) obs: 0.648 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ACE 解像度: 2.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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