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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oc9 | ||||||
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タイトル | TRYPAREDOXIN II FROM C.FASCICULATA solved by MR | ||||||
![]() | (TRYPAREDOXIN II) x 2 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / TRYPAREDOXIN II | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leonard, G.A. / Micossi, E. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tryparedoxins from Crithidia Fasciculata and Trypanosoma Brucei: Photoreduction of the Redox Disulfide Using Synchrotron Radiation and Evidence for a Conformational Switch Implicated in Function 著者: Alphey, M.S. / Gabrielsen, M. / Micossi, E. / Leonard, G.A. / Mcsweeney, S.M. / Ravelli, R.B.G. / Tetaud, E. / Fairlamb, A.H. / Bond, C.S. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.769, 0.404, -0.495), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17121.619 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 16-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17163.721 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 16-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | CONSTRUCT STARTS AT RESIDUE 16 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 28025 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 136117 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OC8 解像度: 2.35→30 Å / SU B: 6.393 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: CNS USED IN INITIAL STAGES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.113 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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