PDB-1ob8: Holliday Junction Resolving Enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ob8

タイトル

Holliday Junction Resolving Enzyme

要素

HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE

キーワード

HYDROLASE / ENZYME / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / HOLLIDAY JUNCTION RESOLVING ENZYME / NUCLEASE / ARCHAEA / THERMOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

crossover junction endodeoxyribonuclease / endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Middleton, C.L. / Parker, J.L. / Richard, D.J. / White, M.F. / Bond, C.S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Substrate Recognition and Catalysis by the Holliday Junction Resolving Enzyme Hje.
著者: Middleton, C.L. / Parker, J.L. / Richard, D.J. / White, M.F. / Bond, C.S.

履歴

登録	2003年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.5	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.6	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ob8.cif.gz	69.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ob8.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ob8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ob8_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ob8_full_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示
XML形式データ	1ob8_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	1ob8_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ob9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h96-4 1h4o-4 6qi7-d 1h4o-1 4k7o-1 2b1j-2 3h96-1 1h4o-6 1r50-1 1e5p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE

B: HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE

ヘテロ分子

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.577, 90.577, 70.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 129 / Label seq-ID: 6 - 129

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.269421, -0.391712, -0.879758), (-0.352693, -0.809932, 0.468633), (-0.896114, 0.436544, 0.080059)
ベクター: 55.6985, 80.7555, 12.5555)

#1: タンパク質	HOLLIDAY-JUNCTION RESOLVASE / HOLLIDAY JUNCTION ENDONUCLEASE 分子量: 15475.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q97YX6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 9 詳細: 0.2M LITHIUM SULFATE,0.1M TRIS PH 9 20% PEG 4000,15% ETHYLENE GLYCOL,293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.86
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月4日 / 詳細: RH COATED SI MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 30127 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.25 % / R_sym value: 0.033 / Net I/σ(I): 41.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / R_sym value: 0.652 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SE-SAD DERIVED STRUCTURE

解像度: 1.8→24.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1503	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	-	28499	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1989	0	42	251	2282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	1.994	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.945	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.102	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	1.5	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.535	2	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.721	3	895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.969	4.5	817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1832 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.43	0.5
medium thermal	0.88	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.365	97
R_work	0.274	2007

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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