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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ob7 | ||||||
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タイトル | Cephaibol C | ||||||
要素 | CEPHAIBOL C | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / ION CHANNEL / CEPHAIBOL / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL | ||||||
機能・相同性 | Cephaibol C / ETHANOL / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ACREMONIUM TUBAKII (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 0.89 Å | ||||||
データ登録者 | Bunkoczi, G. / Schiell, M. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Cephaibols 著者: Bunkoczi, G. / Schiell, M. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ob7.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ob7.ent.gz | 11.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ob7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ob7_validation.pdf.gz | 415.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ob7_full_validation.pdf.gz | 415.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ob7_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ob7_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1ob7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CEPHAIBOL C IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...CEPHAIBOL C IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, CEPHAIBOL C IS REPRESENTE | 配列の詳細 | SLIGHT CONTAMINAT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NAAC/HAC PH=4.60, 38% ETOH | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 4.8 / PH range high: 4.2 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER M06XCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.89→28.62 Å / Num. obs: 8776 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.69 % / Rmerge(I) obs: 0.0306 / Net I/σ(I): 50.44 |
反射 シェル | 解像度: 0.89→1 Å / 冗長度: 4.36 % / Rmerge(I) obs: 0.0349 / Mean I/σ(I) obs: 26.51 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 0.89 Å / Num. measured all: 76788 / Rmerge(I) obs: 0.0306 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0349 / Mean I/σ(I) obs: 26.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.89→28.62 Å / Num. parameters: 1294 / Num. restraintsaints: 1519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: RESTRAINTS FOR AIB, DIV, HYP AND PHL FROM ANTIAMOEBIN (PDB 1JOH) 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 122.8 / Occupancy sum non hydrogen: 134.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.89→28.62 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.0719 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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