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万見
- PDB-1oaa: MOUSE SEPIAPTERIN REDUCTASE COMPLEXED WITH NADP AND OXALOACETATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oaa
タイトルMOUSE SEPIAPTERIN REDUCTASE COMPLEXED WITH NADP AND OXALOACETATE
要素SEPIAPTERIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SEPIAPTERIN REDUCTASE / TETRAHYDROBIOPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine metabolic process / tetrahydrobiopterin metabolic process / sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / L-phenylalanine metabolic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / voluntary musculoskeletal movement / serotonin metabolic process ...pteridine metabolic process / tetrahydrobiopterin metabolic process / sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / L-phenylalanine metabolic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / voluntary musculoskeletal movement / serotonin metabolic process / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / norepinephrine metabolic process / dopamine metabolic process / regulation of multicellular organism growth / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sepiapterin reductase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXALOACETATE ION / Sepiapterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Auerbach, G. / Herrmann, A. / Bacher, A. / Huber, R.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The 1.25 A crystal structure of sepiapterin reductase reveals its binding mode to pterins and brain neurotransmitters.
著者: Auerbach, G. / Herrmann, A. / Gutlich, M. / Fischer, M. / Jacob, U. / Bacher, A. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: The Pathway from GTP to Tetrahydrobiopterin: Three-Dimensional Structures of GTP Cyclohydrolase I and 6-Pyruvoyl Tetrahydropterin Synthase
著者: Auerbach, G. / Nar, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: 6-Pyruvoyl Tetrahydropterin Synthase, an Enzyme with a Novel Type of Active Site Involving Both Zinc Binding and an Intersubunit Catalytic Triad Motif; Site-Directed Mutagenesis of the ...タイトル: 6-Pyruvoyl Tetrahydropterin Synthase, an Enzyme with a Novel Type of Active Site Involving Both Zinc Binding and an Intersubunit Catalytic Triad Motif; Site-Directed Mutagenesis of the Proposed Active Center, Characterization of the Metal Binding Site and Modelling of Substrate Binding
著者: Burgisser, D.M. / Thony, B. / Redweik, U. / Hess, D. / Heizmann, C.W. / Huber, R. / Nar, H.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Active Site Topology and Reaction Mechanism of GTP Cyclohydrolase I
著者: Nar, H. / Huber, R. / Auerbach, G. / Fischer, M. / Hosl, C. / Ritz, H. / Bracher, A. / Meining, W. / Eberhardt, S. / Bacher, A.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Atomic Structure of GTP Cyclohydrolase I
著者: Nar, H. / Huber, R. / Meining, W. / Schmid, C. / Weinkauf, S. / Bacher, A.
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of 6-Pyruvoyl Tetrahydropterin Synthase, an Enzyme Involved in Tetrahydrobiopterin Biosynthesis
著者: Nar, H. / Huber, R. / Heizmann, C.W. / Thony, B. / Burgisser, D.
履歴
登録1997年8月25日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEPIAPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7155
ポリマ－27,6491
非ポリマー1,0674
水8,413467
1
A: SEPIAPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SEPIAPTERIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,43110
ポリマ－55,2972
非ポリマー2,1338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area7500 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.880, 115.880, 103.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1257-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SEPIAPTERIN REDUCTASE


分子量: 27648.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: BRAIN / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q64105, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.5 mg/mlprotein1drop
220 mMMES1drop
31 mMdithiothreitol1drop
410 mMNADP1drop
51.5 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Mcitrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→8 Å / Num. obs: 112800 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 2.9 % / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 630228
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMV. 5.23データ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.25→6 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 -5 %
Rwork0.2 --
obs0.2 110920 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 67 467 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.581
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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