PDB-1oa8: AXH domain of human spinocerebellar ataxin-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oa8

タイトル

AXH domain of human spinocerebellar ataxin-1

要素

ATAXIN-1

キーワード

RNA BINDING / HIGH MOBILITY GROUP HOMOLOGY / HMG / RNA-BINDING / DIMERIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Allen, M.D. / Chen, Y.W. / Bycroft, M.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2004
タイトル: The structure of the AXH domain of spinocerebellar ataxin-1.
著者: Chen, Y.W. / Allen, M.D. / Veprintsev, D.B. / Lowe, J. / Bycroft, M.

履歴

登録	2003年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2019年10月9日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.6	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oa8.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oa8.ent.gz	91.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1oa8_validation.pdf.gz	381.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oa8_full_validation.pdf.gz	388.4 KB	表示
XML形式データ	1oa8_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	1oa8_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wfm-1 2iip-1 2wfm-3 2wfm-2 7nbq-2 1a5i-d 5xvk-1 7e7v-2 5jq0-d 2yn2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATAXIN-1

B: ATAXIN-1

C: ATAXIN-1

D: ATAXIN-1

ヘテロ分子

57.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATAXIN-1

B: ATAXIN-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ATAXIN-1

D: ATAXIN-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.783, 82.441, 137.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.66921, -0.05497, 0.74103), (0.09155, -0.99576, 0.00882), (0.73741, 0.07374, 0.67141)	-27.01102, -63.26282, 14.60991
2	given	(0.87622, -0.48188, -0.00465), (0.4707, 0.85787, -0.20614), (0.10332, 0.17844, 0.97851)	-15.61538, 43.61203, 5.62488
3	given	(-0.6656, 0.38544, 0.63907), (-0.35225, -0.91718, 0.1863), (0.65795, -0.10111, 0.74624)	-11.01075, -27.62694, 5.62451

#1: タンパク質	ATAXIN-1 / SPINOCEREBELLAR ATAXIA TYPE 1 PROTEIN 分子量: 14428.339 Da / 分子数: 4 / 断片: AXH DOMAIN, RESIDUES 562-694 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P54253
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ATAXIN-1 BINDS TO RNA IN VITRO.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M TRIS/HCL, PH 7.0, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 5 MM DTT, 15% PEG 4000, 20% GLYCEROL, AT 290K

結晶化

*PLUS

温度: 290 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.8
2	0.1 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	5 mM	dithiothreitol	1	reservoir
4	16 %	PEG4000	1	reservoir
5	20 %	glycerol	1	reservoir
6	20 mg/ml	protein	1	drop
7	10 mM	Tris	1	drop	pH7.0
8	5 mM	dithiothreitol	1	drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SRS

/ ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.960,0.97916,0.97966

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96	1
2	0.97916	1
3	0.97966	1

反射

解像度: 1.7→70.71 Å / Num. obs: 62044 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.1

反射

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 70.7 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 267655 / R_merge(I) obs: 0.065

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 2.883 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: DISORDERED REGION IN B CHAIN (RESIDUES 39 - 51) MODELED BUILT FROM SE-METHONINE DATA.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	3125	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	-	58574	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3934	0	3	378	4315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.78	1.971	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.668	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.176	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.292	1.5	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.253	2	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.333	3	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.64	4.5	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.335	224
R_work	0.274	4211

精密化

*PLUS

最低解像度: 70.7 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.78

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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