+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oa7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Melanocarpus albomyces endoglucanase in complex with cellobiose | |||||||||
![]() | CELLULASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CELLULASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDE HYDROLASES | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hirvonen, M. / Papageorgiou, A.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Family 45 Endoglucanase from Melanocarpus Albomyces: Mechanistic Implications Based on the Free and Cellobiose-Bound Forms 著者: Hirvonen, M. / Papageorgiou, A.C. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 439.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22932.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
---|---|
結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000 15% W/V, 0.15 M KOAC, 0.1 M NAOAC PH 4.6 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Hirvonen, M., (2002) Acta Cryst., D58, 336. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月15日 / 詳細: OSMIC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 133688 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 89.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 13447 / Num. measured all: 133688 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.1 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ENG 解像度: 2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1500347 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT / Bsol: 49.5 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|