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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o9p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S131A mutant of Malonamidase E2 complexed with malonate from Bradyrhizobium japonicum | ||||||
![]() | MALONAMIDASE E2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / AMIDASE / MALONATE / MALONAMIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Shin, S. / Oh, B.-H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of a Novel Ser-Cisser-Lys Catalytic Triad in Comparison with the Classical Ser-His-Asp Triad 著者: Shin, S. / Yun, Y.S. / Koo, H.M. / Kim, Y.S. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 244.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 244.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 989 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o9nC ![]() 1o9oC ![]() 1o9qC ![]() 1obiC ![]() 1objC ![]() 1obkC ![]() 1oblC ![]() 1ochC ![]() 1ockC ![]() 1oclC ![]() 1ocmC ![]() 1gr9 C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43719.750 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MALONATE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLYCINE 130 AND ALANINE 131 ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 20% POLYETHYLENE GLYCOL 1000, 100 MM TRIS, PH 7.0, 15 MM MALONATE | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→20 Å / Num. obs: 71433 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 22.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.198 / % possible all: 84.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 514152 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.7 % / Rmerge(I) obs: 0.198 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS 開始モデル: PDB ENTRY 1GR9 ![]() 1gr9 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |