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- PDB-1o89: Crystal structure of E. COLI K-12 yhdH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o89
タイトルCrystal structure of E. COLI K-12 yhdH
要素YHDH
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / POSSIBLE NADPH-DEPENDENT QUINONE OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acrylyl-CoA reductase (NADPH) / acryloyl-CoA reductase (NADPH) activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acrylyl-CoA reductase AcuI / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Acrylyl-CoA reductase AcuI / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable acrylyl-CoA reductase AcuI
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Grisel, S. / Salamoni, A. / Valencia, C. / Bignon, C. / Vincentelli, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the Escherichia Coli Yhdh, a Putative Quinone Oxidoreductase
著者: Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Grisel, S. / Salamoni, A. / Valencia, C. / Campanacci, V. / Vincentelli, R. / Tegoni, M. / Eklund, H. / Cambillau, C.
履歴
登録2002年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YHDH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2941
ポリマ－37,2941
非ポリマー00
水93752
1
A: YHDH

A: YHDH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5892
ポリマ－74,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/41
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.671, 55.671, 201.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 YHDH / B3253 / YHDH


分子量: 37294.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26646
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS ENTRY IS FROM A STRUCTURAL GENOMICS EXPERIMENT, POSSIBLY A NADPH-DEPENDENT QUINONE OXIDOREDUCTASE
配列の詳細RESIDUES -20 TO 0 AND 10 TO 12 MISSING FROM DECK OF COORDINATES. RESIDUES -20 TO 0 ARE FROM THE ...RESIDUES -20 TO 0 AND 10 TO 12 MISSING FROM DECK OF COORDINATES. RESIDUES -20 TO 0 ARE FROM THE EXPRESSION TAG AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 39 % PEG 600, 0.1 M HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
139 %PEG6001drop
20.1 %(w/v)satHEPES1droppH7.5
36 mg/mlprotein1drop
45 mMNADP1drop
50.1 mM1dropZnCl2
68.5 %PEG80001reservoir
70.1 Msodium acetate1reservoirpH5.5
80.01 mM1reservoirZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→19.7 Å / Num. obs: 15661 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 50.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 15944 / 冗長度: 8.6 % / Num. measured all: 426724 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: YHDH DETERMINED BY MAD

解像度: 2.25→12 Å / SU B: 6.426 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23669 1550 9.9 %RANDOM
Rwork0.19703 ---
obs0.20087 14074 99.01 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 0 52 2458
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / Rfactor Rfree: 0.2367 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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