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万見
- PDB-1o7y: Crystal structure of IP-10 M-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7y
タイトルCrystal structure of IP-10 M-form
要素SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10
キーワードCHEMOKINE / INTERFERON INDUCTION / CHEMOTAXIS / INFLAMMATORY RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell chemotaxis / negative regulation of myoblast fusion / CXCR3 chemokine receptor binding / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / CXCR chemokine receptor binding / response to auditory stimulus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of myoblast differentiation / T cell chemotaxis ...regulation of T cell chemotaxis / negative regulation of myoblast fusion / CXCR3 chemokine receptor binding / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / CXCR chemokine receptor binding / response to auditory stimulus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of myoblast differentiation / T cell chemotaxis / response to vitamin D / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / endothelial cell activation / chemokine activity / muscle organ development / chemoattractant activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / antiviral innate immune response / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to gamma radiation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to virus / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Swaminathan, G.J. / Holloway, D.E. / Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Oligomeric Forms of the Ip-10/Cxcl10 Chemokine
著者: Swaminathan, G.J. / Holloway, D.E. / Colvin, R.A. / Campanella, G.K. / Papageorgiou, A.C. / Luster, A.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2002年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10
B: SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10
C: SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10
D: SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7426
ポリマ－34,5494
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.979, 53.722, 53.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
SMALL INDUCIBLE CYTOKINE B10 / IP-10 / CXCL10 / GAMMA-IP10 / IP-10 / INTERFERON-GAMMA INDUCED PROTEIN


分子量: 8637.345 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02778
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
構成要素の詳細CHEMOTACTIC FOR MONOCYTES AND T LYMPHOCYTES. BINDS TO CXCR3. INDUCED BY INTERFERON GAMMA. A DIVERSE ...CHEMOTACTIC FOR MONOCYTES AND T LYMPHOCYTES. BINDS TO CXCR3. INDUCED BY INTERFERON GAMMA. A DIVERSE POPULATION OF CELL TYPES RAPIDLY INCREASES TRANSCRIPTION OF MRNA ENCODING THIS PROTEIN. THIS SUGGESTS THAT GAMMA-INDUCED PROTEIN MAY BE A KEY MEDIATOR OF THE INTERFERON GAMMA RESPONSE.
配列の詳細THE SEQUENCE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS ARISES FROM A DIFFERENCE IN THE PRIMARY ...THE SEQUENCE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS ARISES FROM A DIFFERENCE IN THE PRIMARY SEQUENCE IN THE SWISS-PROT DATABASE REFERENCE P02778 AT POSITION 93. THE SEQUENCE GIVEN HERE FOLLOWS THE SEQUENCE DESCRIBED IN REFERENCE: LUSTER ET AL., NATURE, 315:672 (1985).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化pH: 4.4
詳細: 10MG/ML PROTEIN, 16% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.4, 0.2M AMMONIUM SULPHATE
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1dropin water
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.4
316 %PEG40001reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9057
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 7390 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 57731
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RHP

1rhp


解像度: 3→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1063324.08 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 472 6.4 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.267 7367 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.239968 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.65 Å20 Å2-15.14 Å2
2--2.95 Å20 Å2
3---18.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.48 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1959 0 10 0 1969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.091 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.596 43 6.1 %
Rwork0.389 663 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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