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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o6h | ||||||
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タイトル | Squalene-Hopene Cyclase | ||||||
要素 | SQUALENE--HOPENE CYCLASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / INHIBITOR / OXIDOSQUALENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / triterpenoid biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lenhart, A. / Reinert, D.J. / Weihofen, W.A. / Aebi, J.D. / Dehmlow, H. / Morand, O.H. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003 タイトル: Binding Structures and Potencies of Oxidosqualene Cyclase Inhibitors with the Homologous Squalene-Hopene Cyclase 著者: Lenhart, A. / Reinert, D.J. / Aebi, J.D. / Dehmlow, H. / Morand, O.H. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Potential Anticholesteremic Drug Ro48-8071 著者: Lenhart, A. / Weihofen, W.A. / Pleschke, A.E.W. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: The Structure of the Membrane Protein Squalene-Hopene Cyclase at 2.0 A Resolution 著者: Wendt, K.U. / Lenhart, A. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: Structure and Function of a Squalene Cyclase 著者: Wendt, K.U. / Poralla, K. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 1997 タイトル: Ro48-8071, a New 2,3-Oxidosqualene:Lanosterol Cyclase Inhibitor Lowering Plasma Cholesterol in Hamsters, Squirrel Monkeys, and Minipigs: Comparison to Simvastatin 著者: Morand, O.H. / Aebi, J.D. / Dehmlow, H. / Ji, Y.H. / Gains, N. / Lengsfeld, H. / Himber, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o6h.cif.gz | 344.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o6h.ent.gz | 287.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o6h_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o6h_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1o6h_validation.xml.gz | 74.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o6h_validation.cif.gz | 100.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/1o6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/1o6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71650.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア) 解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P33247, squalene-hopene cyclase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | pH: 4.8 / 詳細: pH 4.80 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.8 Å / Num. obs: 55114 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.8→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS |