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- PDB-1o6a: CRYSTAL STRUCTURE OF A C-TERMINAL FRAGMENT OF THE PUTATIVE FLAGEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o6a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A C-TERMINAL FRAGMENT OF THE PUTATIVE FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN FLIN (TM0680) FROM THERMOTOGA MARITIMA AT 1.85 A RESOLUTION
要素putative flagellar motor switch protein FliN
キーワードMOTOR PROTEIN / PUTATIVE FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN FLIN / C- TERMINAL PROTEOLYTIC FRAGMENT / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性Surface presentation of antigens (SPOA) / SpoA-like / Roll / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal fragment of the putative flagellar motor switch protein FliN (TM0680a) from Thermotoga maritima at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE IN BOTH CHAINS THE DENSITY AND REFINEMENT STATISTICS FOR THE WELL ORDERED REGION AROUND ...SEQUENCE IN BOTH CHAINS THE DENSITY AND REFINEMENT STATISTICS FOR THE WELL ORDERED REGION AROUND RESIDUE 100 SUGGESTS THAT RESIDUE 100 IS A HISTIDINE. THIS PROTEIN WAS EXPRESSED WITH A 201 RESIDUE N-TERMINAL FUSION COMPRISING A 12 AMINO ACID PURIFICATION TAG, TM0680 (GB 15644623 / NP_228488) AND A 27 RESIDUE LINKER, AND TM0680A. IT CAN BE REPRESENTED AS [HIS6TAG]-[THYOREDOXIN LEADER]- [FUSION PROTEIN, FLIY = TM0680]-[LINKER]-[TM0680A]. THE TAG, TM0680, THE 27 RESIDUE LINKER, AND THE FIRST 58 RESIDUES OF TM0680A WERE CLEAVED, LEAVING RESIDUES 59-154 OF TM0680A IN THE CRYSTAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative flagellar motor switch protein FliN
B: putative flagellar motor switch protein FliN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8492
ポリマ－21,8492
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.481, 61.481, 113.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 74 - 154 / Label seq-ID: 16 - 96

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 putative flagellar motor switch protein FliN


分子量: 10924.471 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment (residues 59-154) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fusion protein, see remark 999
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0680a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15644624
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9
詳細: 65% (+/-)-2-Methyl-2,4-Pentanediol, 0.1 M Bicine pH 9.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.019943, 0.979764, 0.979570
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0199431
20.9797641
30.979571
反射解像度: 1.85→56.57 Å / Num. all: 19259 / Num. obs: 19259 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.69 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1385 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.454 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21199 975 5.1 %RANDOM
Rwork0.17102 ---
obs0.17301 18226 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1322 0 0 150 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.552.031903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81533394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.495186
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4060.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9243865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.34951438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.098533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.65511455
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
474medium positional0.210.5
820loose positional0.535
474medium thermal0.982
820loose thermal1.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 66 4.78 %
Rwork0.227 1316 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16470.10220.16551.04121.00081.9129-0.00440.05690.203-0.19490.0697-0.0258-0.39770.1364-0.06530.063-0.01030.01120.0458-0.00380.084813.48831.00246.835
20.75310.1489-0.15040.76560.06870.51120.07480.10530.06740.01410.00810.1273-0.039-0.1677-0.0830.0210.0285-0.00930.1020.02440.078-9.40921.83740.338
32.01640.1386-0.50691.5747-0.01121.80670.0921-0.00280.17510.0797-0.05990.1096-0.2588-0.1827-0.03220.00670.01960.00040.0582-0.0040.0547-9.74724.0446.429
40.5654-0.09490.34571.02930.57030.95810.0931-0.0040.04380.01190.0497-0.1255-0.13270.2347-0.14280.0635-0.0224-0.00250.0944-0.03880.099312.89627.27352.532
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA68 - 8410 - 26
21AA112 - 15454 - 96
32AA85 - 11127 - 53
43BB74 - 8416 - 26
53BB112 - 15454 - 96
64BB85 - 11127 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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