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- PDB-1o5p: Solution Structure of holo-Neocarzinostatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5p
タイトルSolution Structure of holo-Neocarzinostatin
要素Neocarzinostatin
キーワードANTIBIOTIC / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / 7 STRANDED BETA BARREL / CROMOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEOCARZINOSTATIN-CHROMOPHORE / Neocarzinostatin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing with random array initial structures
データ登録者Takashima, H. / Ishino, T. / Yoshida, T. / Hasuda, K. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution NMR Structure Investigation for Releasing Mechanism of Neocarzinostatin Chromophore from the Holoprotein
著者: Takashima, H. / Yoshida, T. / Ishino, T. / Hasuda, K. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Distributed Computing and NMR Constraint-Based High-Resolution Structure Determination: Applied for Bioactive Peptide Endothelin-1 To Determine C-Terminal Folding.
著者: Takashima, H. / Mimura, N. / Ohkubo, T. / Yoshida, T. / Tamaoki, H. / Kobayashi, Y.
履歴
登録2003年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neocarzinostatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7602
ポリマ－11,1001
非ポリマー6601
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)60 / 16000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #60lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Neocarzinostatin / NCS / Mitomalcin / MMC


分子量: 11100.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein was isotope labeled by pre-enriched chlorella as amino acide source.
由来: (天然) Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A3R9
#2: 化合物 ChemComp-CHR / NEOCARZINOSTATIN-CHROMOPHORE / NCS-CHROMOPHORE / ネオカルジノスタチンクロモホア


分子量: 659.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H33NO12 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
NMR実験の詳細Text: Based on distributed computing (SUN GRID engine), the structure calculation explored conformational space comprehensively by using a huge number of initial structures to increase structure ...Text: Based on distributed computing (SUN GRID engine), the structure calculation explored conformational space comprehensively by using a huge number of initial structures to increase structure precision and convergence.

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試料調製

詳細内容: 2.5mM holo-Neocarzinostatin U-15N, 13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY7501
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: NIH 2.0.6 / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing with random array initial structures
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16000 / 登録したコンフォーマーの数: 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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