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- PDB-1o4v: Crystal structure of the catalytic subunit of a phosphoribosylami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o4v
タイトルCrystal structure of the catalytic subunit of a phosphoribosylaminoimidazole mutase (tm0446) from thermotoga maritima at 1.77 A resolution
要素phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE
キーワードLYASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE (TM0446) from Thermotoga maritima at 1.77 A resolution
著者: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...著者: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_special_symmetry
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2623
ポリマ－20,0701
非ポリマー1922
水2,126118
1
A: phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,09924
ポリマ－160,5628
非ポリマー1,53716
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area36850 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area41350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.249, 103.249, 65.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

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要素

#1: タンパク質 phosphoribosylaminoimidazole mutase PurE / AIR carboxylase / AIRC


分子量: 20070.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: PURE OR TM0446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYS7, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.6
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
418 mg/mlprotein1drop
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
60.2 Msodium potassium tartrate1reservoir
70.1 MTris1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.95369
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→24.37 Å / Num. all: 16697 / Num. obs: 16697 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 931 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 73.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.77 Å / Num. obs: 16698 / Num. measured all: 119908 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.8 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QCZ

1qcz


解像度: 1.77→24.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.354 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. WEAK, AMBIGUOUS DENSITY FOR BOTH THE N- AND C-TERMINAL RESIDUES WAS NOT MODELED. 2. UNEXPLAINED SURFACE DENSITY BETWEEN ASP11 AND ARG40, AND AT THE INTER-OCTAMER CONTACT AROUND GLU145, WAS ...詳細: 1. WEAK, AMBIGUOUS DENSITY FOR BOTH THE N- AND C-TERMINAL RESIDUES WAS NOT MODELED. 2. UNEXPLAINED SURFACE DENSITY BETWEEN ASP11 AND ARG40, AND AT THE INTER-OCTAMER CONTACT AROUND GLU145, WAS MODELED AS WATERS. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18177 838 5 %RANDOM
Rwork0.14981 ---
obs0.1514 15859 95.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å20 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---4.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→24.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 10 118 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9731795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92732974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2455168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01223.77453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79215244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6941510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3140.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.5839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58921354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6843491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5444.5441
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 46 4.94 %
Rwork0.234 885 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.771 Å / Origin y: 1.379 Å / Origin z: 9.73 Å
111213212223313233
T-0.0434 Å20.0012 Å2-0.0297 Å2--0.007 Å20.0101 Å2---0.1488 Å2
L0.347 °20.0849 °2-0.1008 °2-2.1185 °2-0.2685 °2--0.3698 °2
S0.0036 Å °-0.1358 Å °-0.029 Å °0.2385 Å °-0.0159 Å °-0.1804 Å °-0.0321 Å °0.0959 Å °0.0123 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16697 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.182 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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