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- PDB-1o3u: Crystal structure of an hepn domain protein (tm0613) from thermot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o3u
タイトルCrystal structure of an hepn domain protein (tm0613) from thermotoga maritima at 1.75 A resolution
要素conserved hypothetical protein TM0613
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / HEPN domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: PROTEINS / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an HEPN domain protein (TM0613) from Thermotoga maritima at 1.75 A resolution.
著者: Erlandsen, H. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / von Delft, F. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. ...著者: Erlandsen, H. / Canaves, J.M. / Elsliger, M.A. / von Delft, F. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Robb, A. / Quijano, K. / Schwarzenbacher, R. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The biological unit was adjudged a dimer based on a considerable hydrophobic interface generated by crystallographic symmetry.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein TM0613


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6221
ポリマ－15,6221
非ポリマー00
水2,306128
1
A: conserved hypothetical protein TM0613

A: conserved hypothetical protein TM0613


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2452
ポリマ－31,2452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)57.922, 57.922, 63.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein TM0613


分子量: 15622.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ82
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.84 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 10% PEG 8000; Imidazole pH 8.0; 0.2 M Ca(Ac)2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 8.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
410 %(w/v)PEG80001reservoir
5200 mMcalcium acetate1reservoir
6100 mMimidazole1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97910, 0.97930, 0.91840
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月11日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.91841
反射解像度: 1.75→25.904 Å / Num. obs: 10935 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 27.98 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 72.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 43.03 Å / Num. obs: 10976 / Num. measured all: 55732 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.3 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→25.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.266 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1079 9.9 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.185 9855 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 0 128 1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9321338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78731999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8465118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3723.88954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71215168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.45157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.5599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8132950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0513394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1624.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 53
Rwork0.242 524
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.772 Å / Origin y: 9.138 Å / Origin z: 19.047 Å
111213212223313233
T0.0183 Å2-0.0181 Å2-0.0062 Å2-0.0104 Å20.006 Å2---0.0288 Å2
L1.1148 °2-0.7699 °2-0.0669 °2-1.6545 °20.6988 °2--0.5058 °2
S0.037 Å °0.1649 Å °0.0367 Å °-0.2173 Å °0.0346 Å °-0.0922 Å °-0.1733 Å °-0.0567 Å °-0.0716 Å °
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.995 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10934 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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