+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o2u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Elaborate Manifold of Short Hydrogen Bond Arrays Mediating Binding of Active Site-Directed Serine Protease Inhibitors | ||||||
![]() | BETA-TRYPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / serine protease / short hydrogen bond / inhibition mechanism / shift of pKa / trypsin / thrombin / urokinase / factor Xa | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Katz, B.A. / Elrod, K. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Luong, C. / Shrader, W.D. / Sendzik, M. / Spencer, J.R. / Sprengeler, P.A. / Kolesnikov, A. ...Katz, B.A. / Elrod, K. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Luong, C. / Shrader, W.D. / Sendzik, M. / Spencer, J.R. / Sprengeler, P.A. / Kolesnikov, A. / Tai, V.W. / Hui, H.C. / Breitenbucher, J.G. / Allen, D. / Janc, J.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elaborate manifold of short hydrogen bond arrays mediating binding of active site-directed serine protease inhibitors. 著者: Katz, B.A. / Elrod, K. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Luong, C. / Shrader, W.D. / Sendzik, M. / Spencer, J.R. / Sprengeler, P.A. / Kolesnikov, A. / Tai, V.W. / Hui, H.C. / Breitenbucher, J.G. ...著者: Katz, B.A. / Elrod, K. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Luong, C. / Shrader, W.D. / Sendzik, M. / Spencer, J.R. / Sprengeler, P.A. / Kolesnikov, A. / Tai, V.W. / Hui, H.C. / Breitenbucher, J.G. / Allen, D. / Janc, J.W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o2gC ![]() 1o2hC ![]() 1o2iC ![]() 1o2jC ![]() 1o2kC ![]() 1o2lC ![]() 1o2mC ![]() 1o2nC ![]() 1o2oC ![]() 1o2pC ![]() 1o2qC ![]() 1o2rC ![]() 1o2sC ![]() 1o2tC ![]() 1o2vC ![]() 1o2wC ![]() 1o2xC ![]() 1o2yC ![]() 1o2zC ![]() 1o30C ![]() 1o31C ![]() 1o32C ![]() 1o33C ![]() 1o34C ![]() 1o35C ![]() 1o36C ![]() 1o37C ![]() 1o38C ![]() 1o39C ![]() 1o3aC ![]() 1o3bC ![]() 1o3cC ![]() 1o3dC ![]() 1o3eC ![]() 1o3fC ![]() 1o3gC ![]() 1o3hC ![]() 1o3iC ![]() 1o3jC ![]() 1o3kC ![]() 1o3lC ![]() 1o3mC ![]() 1o3nC ![]() 1o3oC ![]() 1o3pC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-847 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1 詳細: sodium citrate soak at target pH (10.34). vapor diffusion at 298 K, pH 8.10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K / Ambient temp details: Crystal Cooler |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→23.59 Å / Num. all: 54164 / Num. obs: 49944 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.47 Å / % possible obs: 51.3 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 6659 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Val53, Leu66, Ser86, Lys87, Ser110, Ser113, Ser130, Lys159, Asp165, Ser170, Gln175, Ser195, Ser217, Lys230, Ser236, Ser244, ...詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Val53, Leu66, Ser86, Lys87, Ser110, Ser113, Ser130, Lys159, Asp165, Ser170, Gln175, Ser195, Ser217, Lys230, Ser236, Ser244, Bzm246 HOH383 makes a short H-bond with 847246 (conf 1). Other H-bonds are normal. His40 and HIS91 are MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN.
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→7 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|