PDB-1o20: Crystal structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase (TM0293) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o20

タイトル

Crystal structure of Gamma-glutamyl phosphate reductase (TM0293) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution

要素

Gamma-glutamyl phosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TM0293 / GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of gamma-glutamyl phosphate reductase (TM0293) from Thermotoga maritima at 2.0 A resolution.
著者: Page, R. / Nelson, M.S. / von Delft, F. / Elsliger, M.A. / Canaves, J.M. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / ...

履歴

登録	2003年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o20.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o20.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/1o20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/1o20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jmc-3 5jmc-1 5mfc-1 4jra-2 2w68-d 6moi-d 5ajx-d 3cgz-d 6kr1-4 6kr1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282169

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyl phosphate reductase

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Gamma-glutamyl phosphate reductase

ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.150, 111.330, 86.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Gamma-glutamyl phosphate reductase / GPR / Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / Glutamyl-gamma-semialdehyde dehydrogenase / GSA dehydrogenase 分子量: 48123.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WYC9, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Gamma-glutamyl phosphate reductase / GPR / Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / Glutamyl-gamma-semialdehyde dehydrogenase / GSA dehydrogenase

分子量: 48123.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0293 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYC9, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %

結晶化

温度: 293 K / pH: 8.4
詳細: 15% PEG MME 5000(30%), 0.06M Tris Cl(1M), 0.04M Tris_base(1M), VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, pH 8.40, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 25 ℃ / pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used microseeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	12 %	mPEG5000	1	reservoir
2	10 mM	Tris	1	reservoir	pH8.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793, 0.9566, 0.9794

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月20日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9566	1
3	0.9794	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.55 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 20.46

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.44 % / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / R_sym value: 0.607 / % possible all: 99.5

反射

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 295973 / R_merge(I) obs: 0.087

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.5 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
CCP4		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→38.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 3.584 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THERE IS PROMINENT DIFFERENCE DENSITY ATTACHED TO CYS255, POSSIBLY THE RESULT OF PARTIAL OXIDATION, WHICH WAS HOWEVER NOT MODELLED. CNS/O WERE ALSO USED IN REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	2521	7.6 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.163	30837	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3227	0	0	299	3526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.968	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	7269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.116	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.337	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.816	1.5	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.49	2	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.55	3	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.321	4.5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.269	137
R_work	0.196	1866

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.6053 Å / Origin y: 41.9533 Å / Origin z: 67.2913 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0831 Å²	0.0661 Å²	0.0074 Å²	-	0.0532 Å²	0.0111 Å²	-	-	0.0414 Å²
L	0.7329 °²	0.0216 °²	0.0953 °²	-	0.1585 °²	0.0582 °²	-	-	0.0234 °²
S	0.0301 Å °	0.1486 Å °	-0.1057 Å °	-0.0841 Å °	-0.037 Å °	-0.0131 Å °	0.0402 Å °	0.0096 Å °	0.0069 Å °

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å / % reflection R_free: 7.6 % / R_factor R_work: 0.16

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

最低解像度: 2.07 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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