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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o12 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (TM0814) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution | ||||||
![]() | N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / TM0814 / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (TM0814) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42190.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM0814 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9WZS1, N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 5 詳細: 10 % PEG 6000, 1.0 M LiCl, 0.1 M Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月19日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→42.533 Å / Num. obs: 30706 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 58.5 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: EXTRA DENSITY NEAR THE N-TERMINUS. N-TERMINUS FROM SYMMETRY RELATED MOLECULES ARE CLOSE AND THE EXTRA DENSITY COULD NOT EASILY BE INTERPRETED. THERE ARE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT ...詳細: EXTRA DENSITY NEAR THE N-TERMINUS. N-TERMINUS FROM SYMMETRY RELATED MOLECULES ARE CLOSE AND THE EXTRA DENSITY COULD NOT EASILY BE INTERPRETED. THERE ARE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT WITH 363 RESIDUES PER MONOMER. THE C-TERMINAL RESIDUES (ARG 364) IN BOTH MONOMERS ARE DISORDERED. REFINEMENTS STARTED WITH NCS AND THE NCS RELEASED DURING THE FINAL STAGES. ONE FE ATOM PER MONOMER. THE FE ATOM IN THE TM0814 WAS ASSIGNED BASED ON THE DENSITY, COORDINATION, AND THE PRESENCE OF A FE ATOM AT THIS POSITION IN THE CYTOSINE DEAMINASE STRUCTURE. THE LOWER NUMBER OF RESIDUES IN THE CORE REGION SEEMS TO BE RELATED TO THE TYPE OF FOLD.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 0.34 Å2 / ksol: 36.61 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.53 Å / Total num. of bins used: 30
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