PDB-1o0o: Ribonuclease A in complex with adenosine-2',5'-diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o0o

タイトル

Ribonuclease A in complex with adenosine-2',5'-diphosphate

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M.

引用

ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2003
タイトル: High-resolution crystal structures of ribonuclease A complexed with adenylic and uridylic nucleotide inhibitors. Implications for structure-based design of ribonucleolytic inhibitors
著者: Leonidas, D.D. / Chavali, G.B. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M. / Frankling, C. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2003年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o0o.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o0o.ent.gz	103.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o0o_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o0o_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1o0o_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	1o0o_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o0fC 1o0hC 1o0mC 1o0nC 1afuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jml-1 1aqp-d 5nj7-1 6gok-1 3d8y-1 5e5f-1 5jmg-1 1w4p-1 1rph-d 3ql2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.852, 32.528, 72.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1136- HOH
2	1	B-1196- HOH
3	1	B-1213- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.77 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20mM Sodium citrate Buffer, 20% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

結晶化

*PLUS

温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Leonidas, D.D., (1997) Biochemistry, 36, 5578.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	sodium citrate	1	drop
3	10 %	PEG4000	1	drop
4	20 %	PEG4000	1	reservoir
5	20 M	sodium citrate	1	reservoir	pH5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.00061 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月21日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00061 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 67242 / Num. obs: 67242 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0.01 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.9 Å² / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 30.9
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique all: 2545 / R_sym value: 0.226 / % possible all: 71.2
反射	PLUS % possible obs: 92.9 % / Num. measured all: 949552 / R_merge(I) obs*: 0.038
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.2 Å / % possible obs: 71.2 % / R_merge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs*: 10.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1AFU

1afu

解像度: 1.2→29.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 1.953 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22824	3421	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19431	-	-	-
all	0.19602	63814	-	-
obs	0.19431	63814	92.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.14 Å	0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	54	558	2514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.961	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.136	3	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.842	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.3	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.3	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.191	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.231	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.3	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.3	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.295	0.5	73
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.233	1.5	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.927	2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.345	3	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.54	4.5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.337	2	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.409	2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.701	2	1956

LS精密化シェル

解像度: 1.204→1.236 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	205	-
R_work	0.261	3868	-
obs	-	3868	71.2 %

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.228 / R_factor R_work: 0.194

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.7

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)