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- PDB-1o0k: Structure of the First Parallel DNA Quadruplex-drug Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o0k
タイトルStructure of the First Parallel DNA Quadruplex-drug Complex
要素5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / G-4 Quadruplex Drug Complex / Parallel Quadruplex
機能・相同性DAUNOMYCIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Structure of the First Parallel DNA Quadruplex-drug Complex
著者: Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J. / Neidle, S.
履歴
登録2003年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,17310
ポリマ－7,5214
非ポリマー1,6526
水3,009167
1
A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,34520
ポリマ－15,0428
非ポリマー3,30312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)53.004, 47.073, 31.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1246-

HOH

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TGGGGT synthesized by OSWEL
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン


分子量: 527.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NaCl, Cacodylate buffer, Calcium Chloride, Spermine, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2Cacodylate buffer11
3Calcium Chloride11
4Spermine11
5MPD11
6NaCl12
7Calcium Chloride12
8MPD12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / タイプ: SSRL / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→99 Å / Num. obs: 20944 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 32.67
反射 シェル解像度: 1.17→1.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 2031 / % possible all: 87.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 202689

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The first G4 quadruplex from UDF062

解像度: 1.17→10 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic, isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: SHELX
反射数Selection details
all20944 -
obs18761 -
Rfree-Random
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 434 117 167 718
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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