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- PDB-1o0h: Ribonuclease A in complex with 5'-ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o0h
タイトルRibonuclease A in complex with 5'-ADP
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M.
引用ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2003
タイトル: High-resolution crystal structures of ribonuclease A complexed with adenylic and uridylic nucleotide inhibitors. Implications for structure-based design of ribonucleolytic inhibitors
著者: Leonidas, D.D. / Chavali, G.B. / Oikonomakos, N.G. / Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Vlassi, M. / Frankling, C. / Acharya, K.R.
履歴
登録2003年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02023年10月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2714
ポリマ－27,4172
非ポリマー8542
水9,746541
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1362
ポリマ－13,7081
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1362
ポリマ－13,7081
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.722, 32.515, 72.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1406-

HOH

21A-1407-

HOH

31B-1292-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20mM SODIUM CITRATE BUFFER, 20% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Leonidas, D.D., (1997) Biochemistry, 36, 5578.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium citrate1drop
310 %PEG40001drop
420 %PEG40001reservoir
520 Msodium citrate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 70118 / Num. obs: 70118 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Rsym value: 0.13 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 623242 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1AFU

1afu


解像度: 1.2→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22108 3573 5.1 %RANDOM
Rwork0.18963 ---
all0.19124 66544 --
obs0.18963 66544 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.08 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 54 541 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.9612716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80933838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0843246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.19515355
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.3528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.31727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1490.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2960.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1770.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5550.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.6060.385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6040.579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1731.51242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91122006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1713758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.334.5710
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.24222000
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.0122541
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.37521956
LS精密化 シェル解像度: 1.201→1.232 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.202 256
Rwork0.195 4791
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.22 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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