ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.1 | 精密化 | SCALA | | データスケーリング | CNS | | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: urx 057 解像度: 2.85→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.15 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.23241 | 840 | 10 % |
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Rwork | 0.20332 | - | - |
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all | 0.20607 | 7544 | - |
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obs | 0.20607 | 7544 | 99.53 % |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.892 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.12 Å2 | 0.06 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.12 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.18 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 873 | 4 | 0 | 877 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.01 | 0.021 | 976 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.007 | 3 | 1515 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.097 | 0.2 | 164 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 428 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.203 | 0.2 | 427 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.228 | 0.2 | 28 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.224 | 0.2 | 39 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.152 | 0.2 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it1.34 | 3 | 976 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.152 | 4.5 | 1515 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.923 Å / Rfactor Rfree error: 0.468 / Total num. of bins used: 20 / | Rfactor | 反射数 |
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Rwork | 0.479 | 514 |
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Rfree | - | 64 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 19.75 Å / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_deg2.007 | | | |
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