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万見
- PDB-1nye: Crystal structure of OsmC from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nye
タイトルCrystal structure of OsmC from E. coli
要素Osmotically inducible protein C
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / OsmC / peroxiredoxin / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / hyperosmotic response / response to hydroperoxide / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin OsmC / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin OsmC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shin, D.H. / Choi, I.-G. / Busso, D. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of OsmC from Escherichia coli: a salt-shock-induced protein.
著者: Shin, D.H. / Choi, I.G. / Busso, D. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmotically inducible protein C
B: Osmotically inducible protein C
C: Osmotically inducible protein C
D: Osmotically inducible protein C
E: Osmotically inducible protein C
F: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7226
ポリマ－104,7226
非ポリマー00
水1,56787
1
A: Osmotically inducible protein C
B: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9072
ポリマ－34,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
C: Osmotically inducible protein C
D: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9072
ポリマ－34,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
3
E: Osmotically inducible protein C
F: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9072
ポリマ－34,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
4
C: Osmotically inducible protein C
D: Osmotically inducible protein C

A: Osmotically inducible protein C
B: Osmotically inducible protein C
E: Osmotically inducible protein C
F: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7226
ポリマ－104,7226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25180 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area38170 Å2
手法PISA
5
E: Osmotically inducible protein C
F: Osmotically inducible protein C

A: Osmotically inducible protein C
B: Osmotically inducible protein C
C: Osmotically inducible protein C
D: Osmotically inducible protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7226
ポリマ－104,7226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24950 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area38400 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24500 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area38850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.529, 90.291, 112.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Osmotically inducible protein C


分子量: 17453.584 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: OSMC OR B1482 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/pSJS1244 / 参照: UniProt: P0C0L2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium formate, 20%PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.6 Å / Num. obs: 38395 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3736 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3197 10.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.224 ---
obs0.218 31657 81.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.3996 Å2 / ksol: 0.273951 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.2 Å20 Å26.7 Å2
2--5.31 Å20 Å2
3----18.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6813 0 0 87 6900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.841.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it14.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it17.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 350 9.9 %
Rwork0.277 3178 -
obs--55 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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