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- PDB-1nyc: Staphostatins resemble lipocalins, not cystatins in fold. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nyc
タイトルStaphostatins resemble lipocalins, not cystatins in fold.
要素cysteine protease inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Staphostatin B / SspC / cysteine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Staphostatin B / Staphostatin B / Staphostatins / beta-Barrel protease inhibitors / Staphostatin A/B / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rzychon, M. / Filipek, R. / Sabat, A. / Kosowska, K. / Dubin, A. / Potempa, J. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Staphostatins resemble lipocalins, not cystatins in fold.
著者: Rzychon, M. / Filipek, R. / Sabat, A. / Kosowska, K. / Dubin, A. / Potempa, J. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Identification of a novel maturation mechanism and restricted substrate specificity for the SspB cysteine protease of Staphylococcus aureus
著者: Massimi, I. / Park, E. / Rice, K. / Mueller-Esterl, W. / Sauder, D. / McGavin, M.J.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2003
タイトル: Staphostatins: an expanding new group of proteinase inhibitors with a unique specificity for the regulation of staphopains, Staphylococcus spp. cysteine proteinases.
著者: Rzychon, M. / Sabat, A. / Kosowska, K. / Potempa, J. / Dubin, A.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The sequence represents the V8 strain sequence of staphostatin B. Please refer to the ...SEQUENCE The sequence represents the V8 strain sequence of staphostatin B. Please refer to the primary citation for further information concerning the sequence discrepancy.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine protease inhibitor
B: cysteine protease inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3165
ポリマ－26,1492
非ポリマー1673
水4,684260
1
A: cysteine protease inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2424
ポリマ－13,0751
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cysteine protease inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0751
ポリマ－13,0751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.196, 77.049, 101.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cysteine protease inhibitor / staphostatin B


分子量: 13074.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: staphostatin B (sspC) / プラスミド: pGEX-5T-sspC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[pLysS] / 参照: UniProt: Q7A189
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, PEG 4000, glycerol, manganese chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 4.60
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
25 mMTris1droppH7.5
3160 mMammonium sulfate1reservoir
480 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
520 %PEG40001reservoir
620 %glycerol1reservoir
710 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→10 Å / Num. obs: 75079 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 50616 / % possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.4→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22552 2661 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.20225 50616 99.63 %-
all-75880 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 7 260 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6511.9112534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.77233740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2980.21806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1160.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1861.51090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35321778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.483782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8464.5756
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 197
Rwork0.317 3632
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Rfactor Rfree: 0.226 / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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