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- PDB-3oan: Crystal structure of the Ran Binding Domain From The Nuclear Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oan
タイトルCrystal structure of the Ran Binding Domain From The Nuclear Complex Component Nup2 From Ashbya Gossypii
要素ABR034Wp
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / importin-alpha family protein binding / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore nuclear basket / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / silent mating-type cassette heterochromatin formation ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / importin-alpha family protein binding / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore nuclear basket / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / protein export from nucleus / small GTPase binding / chromosome, telomeric region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...: / Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ashbya gossypii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Ran Binding Domain From The Nuclear Complex Component Nup2 From Ashbya Gossypii
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABR034Wp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9882
ポリマ－14,8961
非ポリマー921
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.691, 65.691, 72.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ABR034Wp


分子量: 14895.514 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal residues 497-615 / 変異: C54M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ashbya gossypii (菌類) / 株: TCC 10895 / 遺伝子: ABR034W, AGOS_ABR034W / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q75DJ0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8000, 0.1M na-cacodylate, 0.2 M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15579 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.2-2.246.30.8399.4
2.24-2.286.80.73899.8
2.28-2.327.20.623100
2.32-2.377.40.518100
2.37-2.427.60.457100
2.42-2.487.60.365100
2.48-2.547.70.319100
2.54-2.617.60.266100
2.61-2.697.60.231100
2.69-2.777.60.207100
2.77-2.877.60.146100
2.87-2.997.60.124100
2.99-3.127.60.088100
3.12-3.297.70.067100
3.29-3.497.60.054100
3.49-3.767.60.049100
3.76-4.147.60.043100
4.14-4.747.50.036100
4.74-5.977.30.03100
5.97-507.60.02698.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.354 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.2704 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28869 354 4.7 %RANDOM
Rwork0.20934 ---
obs0.21302 7153 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 0 6 37 959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.991256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0065117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.42324.63441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47815196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.37157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8383.5575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.75650925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.04150365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7954.5330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 27 -
Rwork0.265 516 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.3961 Å / Origin y: 18.0178 Å / Origin z: 24.6684 Å
111213212223313233
T0.0282 Å20.0058 Å2-0.0093 Å2-0.0329 Å2-0.012 Å2--0.0189 Å2
L3.7463 °20.054 °2-0.3909 °2-4.1817 °21.166 °2--3.1785 °2
S0.0648 Å °0.2792 Å °-0.1241 Å °-0.1679 Å °-0.1537 Å °0.1921 Å °-0.1845 Å °-0.0535 Å °0.089 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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