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- PDB-1ny6: Crystal structure of sigm54 activator (AAA+ ATPase) in the active... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ny6
タイトルCrystal structure of sigm54 activator (AAA+ ATPase) in the active state
要素transcriptional regulator (NtrC family)
キーワードTRANSCRIPTION / AAA+ ATPase / sigma54 activator / bacterial transcription / heptamer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Transcriptional regulator (NtrC family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lee, S.Y. / de la Torre, A. / Kustu, S. / Nixon, B.T. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Regulation of the transcriptional activator NtrC1: structural studies of the regulatory and AAA+ ATPase domains
著者: Lee, S.Y. / de la Torre, A. / Yan, D. / Kustu, S. / Nixon, B.T. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2003年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator (NtrC family)
B: transcriptional regulator (NtrC family)
C: transcriptional regulator (NtrC family)
D: transcriptional regulator (NtrC family)
E: transcriptional regulator (NtrC family)
F: transcriptional regulator (NtrC family)
G: transcriptional regulator (NtrC family)
H: transcriptional regulator (NtrC family)
I: transcriptional regulator (NtrC family)
J: transcriptional regulator (NtrC family)
K: transcriptional regulator (NtrC family)
L: transcriptional regulator (NtrC family)
M: transcriptional regulator (NtrC family)
N: transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,63928
ポリマ－428,65814
非ポリマー5,98114
水00
1
A: transcriptional regulator (NtrC family)
B: transcriptional regulator (NtrC family)
C: transcriptional regulator (NtrC family)
D: transcriptional regulator (NtrC family)
E: transcriptional regulator (NtrC family)
F: transcriptional regulator (NtrC family)
G: transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,32014
ポリマ－214,3297
非ポリマー2,9907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: transcriptional regulator (NtrC family)
I: transcriptional regulator (NtrC family)
J: transcriptional regulator (NtrC family)
K: transcriptional regulator (NtrC family)
L: transcriptional regulator (NtrC family)
M: transcriptional regulator (NtrC family)
N: transcriptional regulator (NtrC family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,32014
ポリマ－214,3297
非ポリマー2,9907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.788, 108.265, 110.020
Angle α, β, γ (deg.)70.25, 85.90, 73.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a heptamer that forms a ring-like structure in the assymetric unit (there are 14 molecules in the assymetric unit)

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要素

#1: タンパク質
transcriptional regulator (NtrC family)


分子量: 30618.445 Da / 分子数: 14 / 断片: residues 122-387 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: NtrC1 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67198
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: diammonium tartrate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
250 mMdiammonium tartrate1reservoirpH6.5
38 %(v/v)PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→62.02 Å / Num. obs: 86929 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 103 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / % possible all: 97.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 7844 10 %RANDOM
Rwork0.266 ---
all0.272 ---
obs0.266 78375 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.221601 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 103.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.64 Å2-26.61 Å2-8.84 Å2
2---0.09 Å2-16.43 Å2
3----5.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.69 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.94 Å0.88 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27663 0 378 0 28041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 1286 9.9 %
Rwork0.462 11738 -
obs--97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ADP_XPLOR2.PARADP_XPLOR2.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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