PDB-3m0e: Crystal structure of the ATP-bound state of Walker B mutant of Nt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m0e

タイトル

Crystal structure of the ATP-bound state of Walker B mutant of NtrC1 ATPase domain

要素

Transcriptional regulator (NtrC family)

キーワード

TRANSCRIPTION / AAA+ ATPase domain / GAFTGA loop / Arginine finger / sigma54 activator / bacterial enhancer binding protein / bacterial transcription / two-component signal transduction / ATP-binding / DNA-binding / Nucleotide-binding / Transcription regulation / molecular motor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Chen, B. / Sysoeva, T.A. / Chowdhury, S. / Rusu, M. / Birmanns, S. / Guo, L. / Hanson, J. / Yang, H. / Nixon, B.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Engagement of Arginine Finger to ATP Triggers Large Conformational Changes in NtrC1 AAA+ ATPase for Remodeling Bacterial RNA Polymerase.
著者: Chen, B. / Sysoeva, T.A. / Chowdhury, S. / Guo, L. / De Carlo, S. / Hanson, J.A. / Yang, H. / Nixon, B.T.

履歴

登録	2010年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m0e.cif.gz	359.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m0e.ent.gz	296.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ny6S 1ny5 1zy2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ny6-1 6sgx-d 5wcb-d 6sgz-d 20419 4i63-d 1ny6-2 20805 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator (NtrC family)

B: Transcriptional regulator (NtrC family)

C: Transcriptional regulator (NtrC family)

D: Transcriptional regulator (NtrC family)

E: Transcriptional regulator (NtrC family)

F: Transcriptional regulator (NtrC family)

G: Transcriptional regulator (NtrC family)

ヘテロ分子

217 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	251.209, 242.586, 40.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 138:214 OR RESSEQ 219:384 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	Transcriptional regulator (NtrC family) 分子量: 30429.215 Da / 分子数: 7 / 断片: ATP-ase domain / 変異: E239A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_1117, ntrC1 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O67198, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.01 M FECL3, 0-5% (V/V) JEFFAMINE M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→47.637 Å / Num. all: 75935 / Num. obs: 75935 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 0.0785 % / B_iso Wilson estimate: 69.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.091
反射シェル	解像度: 2.63→2.72 Å / 冗長度: 4.78 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
MrBUMP		位相決定
ELVES		精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NY6 (RESIDUES 140-380 OF E CHAIN OF NTRC1)

1ny6

解像度: 2.63→47.637 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CNS_Solve 1.2 and Coot were also used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	7580	9.98 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2091	75935	99.95 %
all	-	75935	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.117 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→47.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13825	0	224	391	14440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.34	19229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.148	5453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	2114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2415

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	3	C	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	4	D	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	5	E	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
1	6	F	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	7	G	1948	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.63-2.6599	0.3872	237	0.3099	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6599-2.6912	0.3356	253	0.2997	2261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6912-2.724	0.3519	239	0.2953	2273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.724-2.7585	0.3633	237	0.2946	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7585-2.7948	0.3352	243	0.2738	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7948-2.833	0.3277	244	0.2694	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.833-2.8735	0.301	254	0.2652	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8735-2.9164	0.3466	241	0.2787	2284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9164-2.962	0.3342	255	0.2491	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.962-3.0105	0.2761	237	0.2422	2220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0105-3.0624	0.2827	259	0.2462	2250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0624-3.1181	0.3014	251	0.2435	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1181-3.1781	0.2839	240	0.2244	2203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1781-3.2429	0.29	247	0.2266	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2429-3.3134	0.2782	252	0.2161	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3134-3.3905	0.2595	261	0.2103	2309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3905-3.4752	0.2193	252	0.1974	2192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4752-3.5692	0.2279	254	0.1842	2252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5692-3.6741	0.2178	264	0.1791	2312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6741-3.7927	0.2361	237	0.1885	2227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7927-3.9282	0.1989	269	0.1588	2261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9282-4.0854	0.1916	231	0.1712	2355	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0854-4.2712	0.1975	264	0.1599	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2712-4.4962	0.1689	257	0.1484	2341	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4962-4.7777	0.2087	258	0.1445	2242	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7777-5.1462	0.1692	259	0.1447	2362	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1462-5.6633	0.1813	281	0.15	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6633-6.4811	0.2001	255	0.1656	2347	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4811-8.1588	0.171	273	0.156	2414	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1588-47.6447	0.1759	276	0.17	2517	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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