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- PDB-1nxb: STRUCTURE AND FUNCTION OF SNAKE VENOM CURARIMIMETIC NEUROTOXINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxb
タイトルSTRUCTURE AND FUNCTION OF SNAKE VENOM CURARIMIMETIC NEUROTOXINS
要素NEUROTOXIN B
キーワードNEUROTOXIN (POST-SYNAPTIC)
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Tsernoglou, D. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 1978
タイトル: Structure and function of snake venom curarimimetic neurotoxins.
著者: Tsernoglou, D. / Petsko, G.A. / Hudson, R.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1977
タイトル: Molecular Graphics. Application to the Structure Determination of a Snake Venom Neurotoxin
著者: Tsernoglou, D. / Petsko, G.A. / Mcqueenjunior, J.E. / Hermans, J.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1977
タイトル: Protein Sequencing by Computer Graphics
著者: Tsernoglou, D. / Petsko, G.A. / TU, A.T.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1977
タイトル: Three-Dimensional Structure of Neurotoxin a from Venom of the Philippines Sea Snake
著者: Tsernoglou, D. / Petsko, G.A.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1976
タイトル: The Crystal Structure of a Post-Synaptic Neurotoxin from Sea Snake at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Tsernoglou, D. / Petsko, G.A.
履歴
登録1980年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01981年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROTOXIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0703
ポリマ－6,8781
非ポリマー1922
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.900, 46.600, 21.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NEUROTOXIN B


分子量: 6877.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
参照: UniProt: Q90VW1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PROTEIN IS PROBABLY IDENTICAL TO ERABUTOXIN FROM JAPANESE SEA SNAKES. THIS POINT IS DISCUSSED ...THE PROTEIN IS PROBABLY IDENTICAL TO ERABUTOXIN FROM JAPANESE SEA SNAKES. THIS POINT IS DISCUSSED IN REFERENCES 3 AND 4 ABOVE.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細COORDINATES FOR TWO SULFATE IONS ARE INCLUDED BELOW. THERE IS PROBABLY AT LEAST ONE OTHER BOUND ...COORDINATES FOR TWO SULFATE IONS ARE INCLUDED BELOW. THERE IS PROBABLY AT LEAST ONE OTHER BOUND SULFATE WHICH IS INCLUDED BELOW AS A WATER MOLECULE.
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL. IN PUBLISHED PAPERS A GENERAL HOMOLOGY SEQUENCE NUMBERING IS USED ...RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL. IN PUBLISHED PAPERS A GENERAL HOMOLOGY SEQUENCE NUMBERING IS USED OFTEN INSTEAD OF SEQUENTIAL NUMBERING OF RESIDUES. SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS. RESIDUE 59 IS PROBABLY VALINE BUT THIS IS STILL UNDER INVESTIGATION. RESIDUES 18 AND 19 WERE ORDERED FROM THE 2.2 AND 1.38 ANGSTROM MAPS AFTER REFINEMENT. THE CHEMICAL SEQUENCE HAS THEM REVERSED. THE SAME IS TRUE OF RESIDUES 21 AND 22. SEE REFERENCE 3 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.64 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数472 0 4 67 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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