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- PDB-1nx3: Calpain Domain VI in Complex with the Inhibitor PD150606 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nx3
タイトルCalpain Domain VI in Complex with the Inhibitor PD150606
要素Calcium-dependent protease, small subunit
キーワードHYDROLASE / CALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-IODO-PHENYL)-2-MERCAPTO-PROPIONIC ACID / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Todd, B. / Moore, D. / Deivanayagam, C.C.S. / Lin, G.-D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K.W. / Narayana, S.V.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: A structural model for the inhibition of calpain by calpastatin: crystal structures of the native domain VI of calpain and its complexes with calpastatin peptide and a small molecule inhibitor.
著者: Todd, B. / Moore, D. / Deivanayagam, C.C.S. / Lin, G.-D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K.W. / Narayana, S.V.L.
履歴
登録2003年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protease, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3526
ポリマ－19,8831
非ポリマー4685
水1,00956
1
A: Calcium-dependent protease, small subunit
ヘテロ分子

A: Calcium-dependent protease, small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,70412
ポリマ－39,7672
非ポリマー93710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area5820 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.578, 78.578, 77.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protease, small subunit / Calpain regulatory subunit / Calcium-activated neutral proteinase / CANP


分子量: 19883.477 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain VI / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: CAPNS1 OR CAPN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04574
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ISA / 3-(4-IODO-PHENYL)-2-MERCAPTO-PROPIONIC ACID / PD150606


分子量: 308.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9IO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 6000, BME, EDTA, CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.7 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium cacodylate1reservoirpH5.5-6.7
223 %(w/v)PEG60001reservoir
35 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
42 mMEDTA1reservoir
52 mM1reservoirCaCl2
615 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最低解像度: 100 Å / Num. all: 10626 / Num. obs: 10626 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.45 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→100 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1063 10 %random
Rwork0.21 ---
obs0.21 10626 --
all-10626 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 17 56 1468
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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