ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3SDH 解像度: 2.8→37.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.248 | 343 | 5.6 % | RANDOM |
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Rwork | 0.222 | - | - | - |
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all | 0.223 | 6123 | - | - |
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obs | 0.222 | 6123 | 86.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.8126 Å2 / ksol: 0.343163 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.02 Å2 | 0 Å2 | 1.76 Å2 |
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2- | - | 7.34 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.36 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.4 Å | 0.35 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.51 Å | 0.47 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.79 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2232 | 0 | 90 | 25 | 2347 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.011 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d18.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.41 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.079 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.402 | 26 | 4.9 % |
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Rwork | 0.319 | 505 | - |
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obs | - | 531 | 75.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.221 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.31 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg18.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.41 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.398 / Rfactor Rwork: 0.32 |
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