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- PDB-1nv9: HemK, apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nv9
タイトルHemK, apo structure
要素hemK protein
キーワードTRANSFERASE / Class I methyltransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide chain release factor N5-glutamine methyltransferase / protein-(glutamine-N5) methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / methylation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / : / PrmC N-terminal domain / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / : / PrmC N-terminal domain / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Release factor glutamine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.356 Å
データ登録者Schubert, H.L. / Phillips, J.D. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structures along the Catalytic Pathway of PrmC/HemK, an N(5)-Glutamine AdoMet-Dependent Methyltransferase
著者: Schubert, H.L. / Phillips, J.D. / Hill, C.P.
履歴
登録2003年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemK protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1662
ポリマ－31,7821
非ポリマー3841
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.897, 59.013, 63.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 hemK protein


分子量: 31781.535 Da / 分子数: 1 / 断片: HemK / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: HemK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+
参照: UniProt: Q9WYV8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG3000, Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
216-20 %PEG30001reservoir
3100 mMsodium citrate trihydrate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 13364 / Num. obs: 13340 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 79.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 24661 / Num. measured all: 100547
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1NV8

1nv8


解像度: 2.356→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.479 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30034 657 4.9 %RANDOM
Rwork0.23869 ---
all0.24166 12707 --
obs0.24166 12707 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---3.61 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.356→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 26 20 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6112.0032892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08834723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5823262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.23515410
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.3528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.32174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0290.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1520.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4080.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3480.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2820.57
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1751.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15422109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9393841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0424.5783
LS精密化 シェル解像度: 2.356→2.417 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.339 56
Rwork0.306 787
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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