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- PDB-1ntj: Model of rat Crry determined by solution scattering, curve fittin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ntj
タイトルModel of rat Crry determined by solution scattering, curve fitting and homology modelling
要素complement receptor related protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOLOGY / COMPLEMENT / GLYCOPROTEIN / SCR / CCP
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Complement cascade / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement activation / T cell mediated immunity / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / complement activation / Neutrophil degranulation / complement activation, classical pathway / female pregnancy ...Regulation of Complement cascade / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement activation / T cell mediated immunity / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / complement activation / Neutrophil degranulation / complement activation, classical pathway / female pregnancy / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / receptor complex / external side of plasma membrane / innate immune response / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Complement component receptor 1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液散乱 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / CONSTRAINED MODEL FIT / 解像度: 30 Å
データ登録者Aslam, M. / Guthridge, J.M. / Hack, B.K. / Quigg, R.J. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Extended Multidomain Solution Structures of the Complement Protein Crry and its Chimeric Conjugate Crry-Ig by Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling: ...タイトル: The Extended Multidomain Solution Structures of the Complement Protein Crry and its Chimeric Conjugate Crry-Ig by Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling: Implications for Function and Therapy
著者: Aslam, M. / Guthridge, J.M. / Hack, B.K. / Quigg, R.J. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2003年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 2RESOLUTION. NOT APPLICABLE.
Remark 3 REFINEMENT. PROGRAM : INSIGHT II 98.0 AUTHORS : MSI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: complement receptor related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2751
ポリマ－35,2751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 complement receptor related protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 35274.980 Da / 分子数: 1 / 断片: SCR-1 TO SCR-5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: GenBank: 9506513, UniProt: Q63135*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22881
32881
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS 2.111
NUCLEAR REACTORILL D11210
SPALLATION SOURCEISISLOQ32.0-10.0
検出器
タイプID検出器日付
500 CHANNEL1QUADRANT DETECTOR1999年4月15日
BF3 DETECTOR2WIRE DETECTOR1999年5月15日
3-He ORDELA3AREA DETECTOR1998年6月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2ROTATING DRUM
3LAUELneutron2TIME-OF-FLIGHT
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
2101
321
4101
Soln scatter

Data analysis software list: SCTPL5, GNOM / Sample pH: 7.5 / 温度: 288 K

タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesProtein lengthSource beamlineSource classSource typeSource beamline instrument
x-ray1TRIS2-15OTOKO500-CHANNEL QUADRANT50.41.50.11012.1YSRS BEAMLINE 2.1
neutron2PBS IN 99.9% D2O8.2DETEC, RNILS, SPOLLYAREA4.90.21.20.2NILLD11
neutron3PBS IN 99.9% D2O4.5-6.8COLLETTEAREA (TIME-OF-FLIGHT)4.90.21.20.21PULSED NEUTRONNISISLOQ

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
検出器データ収集
OTOKOデータ削減
COLLETTEデータ削減
SPOLLYデータ削減
SCTPL5モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIIIモデル構築
DISCOVER精密化
検出器SUPPLIED SOFTWAREデータ削減
OTOKOデータスケーリング
COLLETTEデータスケーリング
SPOLLYデータスケーリング
SCTPLV. 5位相決定
GNOM位相決定
精密化構造決定の手法: CONSTRAINED MODEL FIT / 解像度: 30→1300 Å / Rfactor all: 0.073 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was determined by x-ray scattering, analytical ultracentrifugation and constrained modelling
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 30→1300 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数320 0 0 0 320
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG AND RSX-1 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG AND RSX-1 VALUES IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT R-FACTOR DEFINED BY ANALOGY WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY AND BASED ON THE EXPERIMENTAL CURVES IN THE Q RANGE EXTENDING TO 2.2 NM-1 (X-RAYS) AND 1.12 NM-1 (ILL NEUTRONS).
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE 5 SCR DOMAINS AND ENERGY MINIMISATIONS WERE PERFORMED TO IMPROVE THE CONNECTIVITY IN THE FH MODEL. BIANTENNARY COMPLEX-TYPE CARBOHYDRATE STRUCTURES ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE BUILT FOR THE 5 SCR DOMAINS AND ENERGY MINIMISATIONS WERE PERFORMED TO IMPROVE THE CONNECTIVITY IN THE FH MODEL. BIANTENNARY COMPLEX-TYPE CARBOHYDRATE STRUCTURES (MAN3GLCNAC4GAL2FUC0NEUNAC2) WERE ADDED TO EACH OF THE N-LINKED GLYCOSYLATION SITES. A LIBRARY OF LINKER PEPTIDE CONFORMATIONS WAS USED IN DOMAIN MODELLING CONSTRAINED BY THE SOLUTION SCATTERING FITS. MODELLING WITH THE SCATTERING DATA WAS ALSO CARRIED OUT BY ROTATIONAL SEARCH METHODS. THE X-RAY AND NEUTRON SCATTERING CURVE I(Q) WAS CALCULATED ASSUMING A UNIFORM SCATTERING DENSITY FOR THE SPHERES USING THE DEBYE EQUATION AS ADAPTED TO SPHERES. X-RAY CURVES WERE CALCULATED FROM THE HYDRATED SPHERE MODELS WITHOUT CORRECTIONS FOR WAVELENGTH SPREAD OR BEAM DIVERGENCE, WHILE THESE CORRECTIONS WERE APPLIED FOR THE NEUTRON CURVES BUT NOW USING UNHYDRATED MODELS.
Num. of conformers calculated: 2000 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software author list: MSI
Software list: INSIGHT II, HOMOLOGY, DISCOVERY, BIOPOLYMER, DELPHI

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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