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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nth | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the methanosarcina barkeri monomethylamine methyltransferase (MTMB) | |||||||||
![]() | Monomethylamine methyltransferase mtmB1 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM BARREL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methylamine-corrinoid protein Co-methyltransferase / monomethylamine methyltransferase activity / methanogenesis / methylation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hao, B. / Gong, W. / Ferguson, T.K. / James, C.M. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A new UAG-encoded residue in the structure of a methanogen methyltransferase 著者: Hao, B. / GONG, W. / FERGUSON, T.K. / JAMES, C.M. / KRZYCKI, J.A. / Chan, M.K. | |||||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE METHYL GROUP IN THE RESIDUE PYL202A COULD BE A METHYL ...HETEROGEN THE AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE METHYL GROUP IN THE RESIDUE PYL202A COULD BE A METHYL (CH3), AMINE (NH2), OR HYDOXYL (OH) GROUP. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50291.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O30642, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4.3M NACL, 0.1M HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 140499 / Num. obs: 140499 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 13348 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.007
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Xplor file |
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