解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 3774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 371 / Rmerge(I) obs: 0.32
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.1.13
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
CNS
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Barium form of streptomycin RNA-aptamer 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 16.131 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25507
349
9.3 %
RANDOM
Rwork
0.20373
-
-
-
obs
0.20847
3394
99.84 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 45.528 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.51 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0.51 Å2
0 Å2
3-
-
-
-1.02 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
0
842
43
6
891
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.01
0.021
988
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.002
0.02
327
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.746
2.121
1525
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
1.71
2.049
854
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.412
0.2
175
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.005
0.02
418
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.003
0.02
4
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.179
0.2
177
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.227
0.2
407
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
0.11
0.2
198
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.178
0.2
30
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.123
0.2
18
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
0.225
0.2
10
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.149
0.2
1
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
0.853
3
988
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
1.372
4.5
1525
X-RAY DIFFRACTION
r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル
解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor
反射数
Rfree
0.359
22
Rwork
0.3
234
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 13.0915 Å / Origin y: 30.3084 Å / Origin z: 0.7858 Å