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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nsd | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA B VIRUS NEURAMINIDASE CAN SYNTHESIZE ITS OWN INHIBITOR | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / O-GLYCOSYL / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: Influenza B virus neuraminidase can synthesize its own inhibitor. 著者: Burmeister, W.P. / Henrissat, B. / Bosso, C. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992 タイトル: The 2.2 Angstroms Resolution Crystal Structure of Influenza B Neuraminidase and its Complex with Sialic Acid 著者: Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S. #2: ジャーナル: Virology / 年: 1991 タイトル: Sequence and Crystallization of Influenza Virus B(Slash)Beijing(Slash)1(Slash)87 Neuraminidase 著者: Burmeister, W.P. / Daniels, R.S. / Dayan, S. / Gagnon, J. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W.H. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET STRAND 4 OF SHEET RECORD *3A* AND *3B* IS IRREGULAR. STRAND 4 OF SHEET RECORD *5* IS VERY IRREGULAR. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nsd.cif.gz | 221.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nsd.ent.gz | 180.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nsd_validation.pdf.gz | 528.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nsd_full_validation.pdf.gz | 542.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nsd_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nsd_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CA 468 BELONGS TO THE CAH SITE OF MONOMER 1. / 2: CA 469 BELONGS TO THE CAH SITE OF MONOMER 2. / 3: CA 470 BELONGS TO THE CAL SITE ON THE FOUR-FOLD AXIS. / 4: CIS PROLINE - PRO A 138 / 5: CIS PROLINE - PRO A 325 / 6: CIS PROLINE - PRO A 138 / 7: CIS PROLINE - PRO B 325 | ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.25, 0.433, -0.866), 詳細 | THE MTRIX 1 RECORDS BELOW MAY BE USED TO TRANSFORM THE COORDINATES OF CHAIN *A* INTO THOSE OF *B*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43429.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (STRAIN B/BEIJING/1/87) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Beijing/1/87 / 参照: UniProt: P27907, exo-alpha-sialidase #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | RESIDUE DAN IS THE INHIBITOR, 2,3-DEHYDRO-2-DEOXY-N-ACETYL NEURAMINIC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 手法: batch method詳細: taken from Burmeister, W.P. et al (1992). Embo J., 11, 49-56. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 62852 / % possible obs: 66 % / Num. measured all: 101118 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.169 / Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d |