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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ns6 | ||||||
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タイトル | The 2.1A Structure of Horse (alpha hemichrome/beta met) Hemoglobin at pH 5.4 | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A pH-Dependent Aquomet-to-Hemichrome Transition in Crystalline Horse Methemoglobin 著者: Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A. #1: ![]() タイトル: An X-Ray Study of Horse Methaemoglobin. I 著者: Boyes-Watson, J. / Davidson, E. / Perutz, M.F. #2: ![]() タイトル: The Structure of Haemoglobin. III. Direct Determination of the Molecular Transform 著者: Perutz, M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly (tetramer) is generated from the dimer in the asymetric unit by the operation: -x, y, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 5.4 Hemichrome Structure / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 断片: beta subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 5.4 Hemichrome Structure / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.35M ammonium phosphate then soaked to pH 5.4 in solutions of 3.35 M ammonium sulfate buffered with 0.2M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 21884 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.07 Å / Num. obs: 21680 / Num. measured all: 125115 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.23 Å / % possible obs: 87.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 1G0B 解像度: 2.05→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / SU B: 4.946 / SU ML: 0.136 / σ(F): 2 / ESU R: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.383 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→54.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Num. reflection Rfree: 0 / Num. reflection Rwork: 838 / Total num. of bins used: 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.07 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.23 Å |