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- PDB-1ns5: X-RAY STRUCTURE OF YBEA FROM E.COLI. NORTHEAST STRUCTURAL GENOMIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ns5
タイトルX-RAY STRUCTURE OF YBEA FROM E.COLI. NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM (NESG) TARGET ER45
要素Hypothetical protein ybeA
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosome binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Benach, J. / Shen, J. / Rost, B. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of YBEA from E. coli
著者: BENACH, J. / SHEN, J. / ROST, B. / XIAO, R. / ACTON, T. / MONTELIONE, G. / HUNT, J.F.
履歴
登録2003年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ybeA
B: Hypothetical protein ybeA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1052
ポリマ－35,1052
非ポリマー00
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.922, 58.652, 57.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ybeA


分子量: 17552.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybea / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8I8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.44 %
結晶化詳細: 20% PEG 3350, 0.2M LICL2

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97888
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→20 Å / Num. obs: 33226 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.58 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル解像度: 1.68→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.114 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.1.19精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.68→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.838 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1675 5.1 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.145 31194 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.13 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.11 Å0.176 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 0 409 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.905
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.4053
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.2684.5
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.26 148
Rwork0.111 2271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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