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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nrj | ||||||
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タイトル | Signal Recognition Particle Receptor Beta-Subunit in Complex with the SRX Domain from the Alpha-Subunit | ||||||
要素 | (Signal recognition particle receptor ...) x 2 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Signal recognition particle / Transmembrane / Receptor / Endoplasmic reticulum / GTP-binding / GTPase-Effector Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle binding / protein targeting to ER / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum ...signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle binding / protein targeting to ER / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schwartz, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003 タイトル: Structural Basis for the Function of the beta Subunit of the Eukaryotic Signal Recognition Particle Receptor 著者: Schwartz, T. / Blobel, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nrj.cif.gz | 96.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nrj.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nrj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nrj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Signal recognition particle receptor ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18406.727 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-158 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRP101 / プラスミド: pET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32916 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24348.750 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 31-244 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRP102 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36057 |
-非ポリマー , 4種, 439分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GTP / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.5 詳細: 40% (w/v) PEG 3350, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.1M ammonium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 5.5, Microbatch under oil, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→29.63 Å / Num. obs: 62208 / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 52263 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 444199 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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