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万見
- PDB-1nrj: Signal Recognition Particle Receptor Beta-Subunit in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nrj
タイトルSignal Recognition Particle Receptor Beta-Subunit in Complex with the SRX Domain from the Alpha-Subunit
要素(Signal recognition particle receptor ...) x 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Signal recognition particle / Transmembrane / Receptor / Endoplasmic reticulum / GTP-binding / GTPase-Effector Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle receptor complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle binding / protein targeting to ER / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle (SRP) receptor alpha subunit, N-terminal / SRX, signal recognition particle receptor alpha subunit / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Beta-Lactamase - #60 / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain ...Signal recognition particle (SRP) receptor alpha subunit, N-terminal / SRX, signal recognition particle receptor alpha subunit / Signal recognition particle receptor, beta subunit / Signal recognition particle receptor beta subunit / Beta-Lactamase - #60 / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Signal recognition particle receptor subunit alpha homolog / Signal recognition particle receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schwartz, T.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for the Function of the beta Subunit of the Eukaryotic Signal Recognition Particle Receptor
著者: Schwartz, T. / Blobel, G.
履歴
登録2003年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle receptor alpha subunit homolog
B: Signal recognition particle receptor beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3896
ポリマ－42,7552
非ポリマー6344
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.200, 123.700, 48.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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Signal recognition particle receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Signal recognition particle receptor alpha subunit homolog / SR-alpha / Docking protein alpha / DP-alpha


分子量: 18406.727 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRP101 / プラスミド: pET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32916
#2: タンパク質 Signal recognition particle receptor beta subunit / SR-beta


分子量: 24348.750 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 31-244 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRP102 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36057

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非ポリマー , 4種, 439分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.5
詳細: 40% (w/v) PEG 3350, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.1M ammonium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 5.5, Microbatch under oil, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1reservoirpH7.5
3150 mM1reservoirNaCl
45 mMdithiothreitol1reservoir
51 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.63 Å / Num. obs: 62208 / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 52263 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 444199 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22886 2623 5 %RANDOM
Rwork0.19435 ---
all0.196 52263 --
obs0.19603 49631 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 38 435 3146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9511.9783757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46435885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9385333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.22611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2780.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4351.51687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06622737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99831077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2514.51006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.519234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.77921
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.821232
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 201
Rwork0.288 3601
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34420.6862-0.05171.8254-0.22032.4152-0.01520.02370.0092-0.04020.07410.1383-0.0645-0.0939-0.05890.01590.02740.00210.0823-0.03690.092311.884235.715922.1583
27.648-0.1904-3.76212.8790.23573.85050.0881-0.52060.0960.3407-0.04520.18640.0548-0.1565-0.0430.1298-0.0079-0.03450.26860.0090.0859.991131.556639.9376
37.0007-5.53594.26361.92240.280512.6723-0.0851-0.22630.14410.09930.2877-0.5279-0.19330.7131-0.20250.0043-0.024-0.00840.2279-0.06720.152130.447637.17131.5691
414.42458.4673-3.376810.18683.84586.2038-0.24370.4453-0.0068-0.70540.2549-0.5132-0.0790.1619-0.01120.0325-0.0110.010.1865-0.03750.11629.195635.766920.1442
50.40190.18090.05332.86751.71051.4227-0.05230.12920.1497-0.13180.0896-0.0558-0.31270.1821-0.03730.3152-0.0440.01980.19780.0490.244518.911160.469717.8552
60.32630.0510.48655.38844.73043.2005-0.08710.18570.1989-0.25850.0885-0.1732-0.03980.1792-0.00140.4263-0.11320.0220.22520.06080.323522.19172.67615.962
7-0.7404-1.05660.52054.24222.56571.0576-0.00390.43-0.0932-0.2352-0.1299-0.0336-0.5462-0.21550.13380.465-0.0427-0.03820.31260.06980.269216.368556.64141.9633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BB36 - 15410 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1BB212 - 225186 - 199
3X-RAY DIFFRACTION1BB234 - 244208 - 218
4X-RAY DIFFRACTION2BB162 - 187136 - 161
5X-RAY DIFFRACTION3BB155 - 161129 - 135
6X-RAY DIFFRACTION4BB226 - 233200 - 207
7X-RAY DIFFRACTION5AA2 - 942 - 94
8X-RAY DIFFRACTION5AA128 - 152128 - 152
9X-RAY DIFFRACTION6AA95 - 11695 - 116
10X-RAY DIFFRACTION7AA117 - 127117 - 127
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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