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- PDB-1nqw: Crystal Structure of Lumazine Synthase from Aquifex aeolicus in C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nqw
タイトルCrystal Structure of Lumazine Synthase from Aquifex aeolicus in Complex with Inhibitor: 5-(6-D-ribitylamino-2,4(1H,3H)pyrimidinedione-5-yl)-1-pentyl-phosphonic acid
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / Lumazine synthase / Aquifex aeolicus / inhibitor complex / vitamin biosynthesis / catalytic mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5YL / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, X. / Meining, W. / Cushman, M. / Haase, I. / Fischer, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: A structure-based model of the reaction catalyzed by lumazine synthase from Aquifex aeolicus.
著者: Zhang, X. / Meining, W. / Cushman, M. / Haase, I. / Fischer, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.
履歴
登録2003年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,69310
ポリマ－83,6365
非ポリマー2,0575
水7,386410
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,028,313120
ポリマ－1,003,63260
非ポリマー24,68160
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_757-x+2,y,-z+21
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
crystal symmetry operation5_546z,x-1,y+11
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_766-z+2,-x+1,y+11
crystal symmetry operation8_746-z+2,x-1,-y+11
crystal symmetry operation9_645y+1,z-1,x1
crystal symmetry operation10_647-y+1,z-1,-x+21
crystal symmetry operation11_667y+1,-z+1,-x+21
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area318440 Å2
ΔGint-1546 kcal/mol
Surface area230780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)180.096, 180.096, 180.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1351-

HOH

21C-3351-

HOH

詳細The biological assembly is an icosahedral capsid generated from the pentamer in the asymmetric unit by the I23 crystllographic symmetry operactions

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要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain


分子量: 16727.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-5YL / 5-(6-D-RIBITYLAMINO-2,4(1H,3H)PYRIMIDINEDIONE-5-YL) PENTYL-1-PHOSPHONIC ACID


分子量: 411.345 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N3O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 400, lithium sulphate, MOPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.5 mMEDTA1reservoir
30.5 mMsodium sulfite1reservoir
450 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8482 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.13 Å / Num. all: 49207 / Num. obs: 49207 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 49238 / Num. measured all: 377239 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.13 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.177 2200 same indices as in the native data set. PDB ID: 1HQK
Rwork0.161 --
all0.161 49207 -
obs0.161 49207 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5885 0 135 410 6430
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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