PDB-1nqh: OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nqh

タイトル

OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM AND CYANOCOBALAMIN (VITAMIN B12) SUBSTRATE

要素

VITAMIN B12 RECEPTOR

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / cobalamin / vitamin B12 / membrane transport / calcium binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Substrate-induced transmembrane signaling in the cobalamin transporter BtuB
著者: CHIMENTO, D.P. / MOHANTY, A.K. / KADNER, R.J. / WIENER, M.C.

履歴

登録	2003年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2021年8月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nqh.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nqh.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nqh_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nqh_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	1nqh_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	1nqh_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nqeC 1nqfSC 1nqgC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m8d-d 4uql-1 3zea-d 5jsu-d 1h2r-d 3myr-2 2obv-1 1yrq-3 1ubo-d 4kn9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VITAMIN B12 RECEPTOR

ヘテロ分子

69.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.687, 81.687, 225.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	VITAMIN B12 RECEPTOR / OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER 分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTUB / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

詳細: Chimento, D.P., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 509.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	12 mg/ml	protein	1	drop
2	200-400 mM	magnesium acetate	1	reservoir
3	4-7 %	PEG3350	1	reservoir
4	50 mM	cacodylate	1	reservoir	pH6.6
5	20 mM		1	reservoir		C8E4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.6037 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日
放射	モノクロメーター: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focusing followed by double flat Si crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6037 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 30657 / Num. obs: 30643 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.31 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 193476 / R_sym value: 0.115 / % possible all: 99.6
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 16612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs*: 0.073
反射シェル	PLUS 最高解像度: 3.1 Å / % possible obs: 99.7 % / R_merge(I) obs*: 0.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1NQF

1nqf

解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 25.129 / SU ML: 0.471 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.464 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AVERAGE ISOTROPIC B VALUE IS AN AVERAGE RESIDUAL B FACTOR.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2646	837	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2238	-	-	-
obs	0.2259	15679	99.85 %	-
all	-	15703	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	-0.46 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.37 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.464 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4630	0	223	0	4853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.021	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.097	1.969	6757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	3	9851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.159	3	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	25.749	15	735
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.409	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.043	0.02	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.391	0.3	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.366	0.3	5706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.068	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.3	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.332	0.3	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.275	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.238	1.5	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.632	2	4613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.949	3	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.661	4.5	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.175 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.389	57
R_work	0.236	1089

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0969	-0.0639	1.3738	1.8696	-0.416	1.7441	-0.0058	0.1212	-0.1386	-0.0343	0.0074	0.0556	0.2263	-0.1772	-0.0017	0.2909	0.1666	0.114	0.1107	0.0261	0.1446	-6.5984	64.8526	24.8335
2	1.0558	0.0324	0.2332	1	-0.1547	1.2592	-0.0109	0.3471	-0.1297	-0.1492	-0.0198	0.0297	0.0599	-0.0652	0.0307	0.2605	0.1675	0.0791	0.1997	0.0483	0.2118	-5.3397	66.6288	20.2801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 136	6 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	137 - 594	137 - 594

精密化

*PLUS

最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.26 / R_factor R_work: 0.224

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	3.13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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