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- PDB-1npy: Structure of shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npy
タイトルStructure of shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
要素Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase family / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Shikimate dehydrogenase-like protein HI_0607
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Korolev, S. / Koroleva, O. / Zarembinski, T. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Novel Shikimate Dehydrogenase from Haemophilus influenzae.
著者: Singh, S. / Korolev, S. / Koroleva, O. / Zarembinski, T. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Christendat, D.
履歴
登録2003年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
B: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
C: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
D: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9987
ポリマ－119,8664
非ポリマー1323
水20,6991149
1
A: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9661
ポリマ－29,9661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0102
ポリマ－29,9661
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0102
ポリマ－29,9661
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0102
ポリマ－29,9661
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.578, 66.575, 96.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607


分子量: 29966.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0607 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44774
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP


分子量: 44.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: NaCl, NaAcetate, PEG400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
32.0 M1reservoirNaCl
410 %(v/v)PEG4001reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97921, 0.97935
シンクロトロンAPS 19-ID20.97892
検出器
タイプID検出器日付
SBC-21CCD2002年7月2日
SBC-22CCD2002年2月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979351
30.978921
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 109795 / Num. obs: 108148 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 88
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.214 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21908 5397 5 %RANDOM
Rwork0.17934 ---
obs0.1813 102713 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.535 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.23 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8363 0 9 1149 9521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.94511531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.884318063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07351075
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.29139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24888
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2960.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0561.55359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87728586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22133175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3274.52945
LS精密化 シェル解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 350
Rwork0.22 6498
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.8 Å / Rfactor Rwork: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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