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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npy | ||||||
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タイトル | Structure of shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607 | ||||||
![]() | Hypothetical shikimate 5-dehydrogenase-like protein HI0607 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate metabolic process / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / chorismate biosynthetic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Korolev, S. / Koroleva, O. / Zarembinski, T. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Novel Shikimate Dehydrogenase from Haemophilus influenzae. 著者: Singh, S. / Korolev, S. / Koroleva, O. / Zarembinski, T. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Christendat, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 238.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29966.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HI0607 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: NaCl, NaAcetate, PEG400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 109795 / Num. obs: 108148 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 88 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.535 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.8 Å / Rfactor Rwork: 0.22 |