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- PDB-1npm: NEUROPSIN, A SERINE PROTEASE EXPRESSED IN THE LIMBIC SYSTEM OF MO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npm
タイトルNEUROPSIN, A SERINE PROTEASE EXPRESSED IN THE LIMBIC SYSTEM OF MOUSE BRAIN
要素NEUROPSIN
キーワードSERINE PROTEINASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the cornified envelope / kallikrein 8 / negative regulation of axon regeneration / cell death / negative regulation of myelination / regulation of synapse organization / keratinocyte proliferation / serine protease inhibitor complex / neuron projection morphogenesis / secretory granule ...Formation of the cornified envelope / kallikrein 8 / negative regulation of axon regeneration / cell death / negative regulation of myelination / regulation of synapse organization / keratinocyte proliferation / serine protease inhibitor complex / neuron projection morphogenesis / secretory granule / synapse organization / memory / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kishi, T. / Kato, M. / Shimizu, T. / Kato, K. / Matsumoto, K. / Yoshida, S. / Shiosaka, S. / Hakoshima, T.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of neuropsin, a hippocampal protease involved in kindling epileptogenesis.
著者: Kishi, T. / Kato, M. / Shimizu, T. / Kato, K. / Matsumoto, K. / Yoshida, S. / Shiosaka, S. / Hakoshima, T.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Neuropsin, a Serine Protease Expressed in the Limbic System of Mouse Brain
著者: Kishi, T. / Kato, M. / Shimizu, T. / Kato, K. / Matsumoto, K. / Yoshida, S. / Shiosaka, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録1998年1月7日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPSIN
B: NEUROPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8514
ポリマ－49,4082
非ポリマー4422
水3,495194
1
A: NEUROPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9252
ポリマ－24,7041
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NEUROPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9252
ポリマ－24,7041
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.400, 55.160, 65.370
Angle α, β, γ (deg.)95.38, 89.98, 110.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, -0.00042, 0.00043), (-0.00042, -1, -0.00032), (0.00043, 0.00032, -1)
ベクター: 19.06308, 14.01756, 35.32339)

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要素

#1: タンパク質 NEUROPSIN


分子量: 24704.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HIGH5 / 器官: HIPPOCAMPUS / プラスミド: PVL1392 / 細胞株 (発現宿主): HIGH5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q61955
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
124.5 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1reservoir
3100 mM1reservoirNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 24944 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.24 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 74.5
反射
*PLUS
% possible obs: 90.7 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALA(CCP4)データ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PTP

4ptp
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→100 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1267 4.9 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 25778 90.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 28 194 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.494
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.06
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.391
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 135 5 %
Rwork0.281 2533 -
obs--74.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3.CHOTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.535
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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