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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npg | ||||||
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タイトル | MYOGLOBIN (HORSE HEART) WILD-TYPE COMPLEXED WITH NITROSOETHANE | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEME / OXYGEN STORAGE / NITRIC OXIDE / NITROSOETHANE / MYOGLOBIN / NITROSOALKANE / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of ferrous horse heart myoglobin complexed with nitric oxide and nitrosoethane. 著者: Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 820.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 824.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ANIMAL OXYGEN STORAGE / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 化合物 | ChemComp-NOE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月11日 / 詳細: OSMIC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 23424 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13504 / Num. measured all: 39336 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % / Num. unique obs: 1323 / Num. measured obs: 3655 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DWR 解像度: 1.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.043 Å2 / ksol: 0.349798 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.412 / Rfactor Rwork: 0.418 |